В 1536 году по заказу московских и новгородских купцов была построена церковь Бориса и Глеба. Церковь выстроили на месте более древней постройки 1377 года с использованием ее фундаментов. Однако, выстроенная на старом фундаменте церковь, в основном отражала московские вкусы. При ее постройке применили московское пятиглавие. Фасады церкви завершаются килевидными арками при пощипцовом покрытии каждого членения. Кроме того, под центральной главой были применены подпружные арки, а под угловыми главами – ступенчато-перекрещивающиеся.
Более сложное переплетение новгородских и московских традиций представляет выстроенная в 1533 году в Антониевом монастыре церковь Сретения. Как внутреннее пространство, так и обработка фасадов этой церкви для новгородского зодчества необычны. Внутри церковь представляет собой бесстолпную постройку, перекрытую сферическим сводом, опирающимся в углах на тромпы. Церковь разделена на два этажа. Нижний этаж имел хозяйственное назначение. С западной стороны к церкви примыкает большое помещение трапезной с восьмигранным столбом в центре, перекрытое коробовыми сводами с распалубками.
Необычны и фасады здания. Восточный фасад аналогичен северному и западному, так как церковь не имеет абсид. Плоские лопатки образуют трехчастное членение фасадов. Совершенно изменено декоративное оформление фасадов. От московских архитектурных традиций идут и горизонтальные тяги, отрезающие килевидные завершения средних и боковых членений. Однако основное композиционное решение Сретенской церкви повторяло привычную в Новгороде форму кубического, несколько вытянутого здания с пощипцовым, восьмискатным покрытием.
Под влиянием Сретенской церкви в 1552 году была выстроена трапезная церковь Варлаама в Хутынском монастыре. Памятники новгородского зодчества XVI века отражают интересный процесс взаимодействия между новгородскими и московскими традициями. Постройки, связанные с официальными московскими правительственными заказами, сооружены на новой художественной платформе. К таким постройкам относится Преображенский собор Хутынского монастыря, выстроенный в 1515 году повелением великого князя московского Василия Ивановича. Типично московский облик имела и церковь Никиты. Церковь шестистолпного плана, была окружена галереей на открытых аркадах и у юго-восточного угла имела древний придел, над которым была сделана колокольня.
В XVII веке новгородская школа окончательно влилась в общий поток русского зодчества.
