После окончания реконструкции детинца черед 12 лет была произведена полная перестройка внешней линии обороны Новгорода. Вокруг всего города на земляном валу были поставлены новые деревянные стены, разбитые каменные башни заменили новыми деревянными.
Лишь с 1510 года вновь начала развертываться строительная деятельность некоторых частных лиц и объединений, особенно усилившаяся в 20-годах XVI века. В 1510 году гость московский Иван Сырков поставил каменную церковь Жён-Мироносиц, представляющую собой четырехстолпное кубического типа здание, к западной стене которого примыкает паперть. Церковь разделена на три этажа. Нижний и подвальный этажи использовались для хозяйственных целей. С трех сторон к церкви примыкали широкие галереи на столбах, соединенных между собой полуциркульными арками. Часть галерей сохранилась и поныне. Открытая галерея вокруг храма придавала церкви Жён-Мироносиц необычный для Новгорода московский облик, хотя и по своему плану и по трактовке фасадов постройка была связана со старой новгородской традицией.
В 1520 году московским гостем Василием Таракановым была выстроена церковь Климента. Тараканов был представителем крупнейшей фамилии московских гостей, переселенных в Новгород на место высланных новгородцев. Выстроенная церковь по своим формам представляет типично новгородскую четырехстолпную одноглавую постройку с восьмискатным завершением. В отличие от более старых новгородских храмов церковь Климента выстроена целиком из кирпича, что свидетельствует о том, что новые московские заказчики вынуждены были обращаться к новгородским строителям, не сразу отказавшимся от своих традиций.
В 1529 году Дмитрий Иванович Сырков, построивший церковь Жён-Мироносиц, заложил новую церковь Прокопия на своем дворе, поблизости от своей ранее построенной церкви. Церковь Прокопия, выстроенная также новгородскими зодчими, представляет уже некоторую уступку московским вкусам, о чем свидетельствуют килевидные завершения средних членений фасадов, килевидные арочки на западной невысокой пристройке, примыкающей к основному кубу храма, декор барабана, а также возврат к трем абсидам, вместо привычной для новгородского зодчества одной. Однако, несмотря на эти московские детали, в целом церковь Прокопия является памятником новгородского искусства, что сказывается и в пощипцовом восьмискатном завершении храма и в его близости к новгородским памятникам в отношении общей композиции.
