Женитьба Коха подлила масла в огонь нападок на чего. Кох отказался от профессуры, от большинства государственных должностей, освободил себя от административных забот и целиком ушел в работу и институте. Он опять занялся холерой, которая в 1892 году получила вновь очень широкое распространение и, в частности, вызвала массу жертв в Гамбурге. Кох со своими ассистентами руководил борьбой с ней.
В те же годы стала распространяться в Германии эпидемия бешенства. Кох развернул борьбу с бешенством, организовал станцию для прививок против бешенства по Пастеру, к которым раньше, как мы видели, он относился более чем критически. В его институте занимались малярией, столбняком, чумой рогатого скота и другими инфекционными заболеваниями.
В 1896–1898 годах Кох вместе со своей молодой женой отправился в путешествие. Ядвига Кох, не в пример первой жене его, неизменно сопровождала его в путешествиях, старалась создать благоприятную обстановку для его жизни, хотя не раз подвергалась заболеваниям чрезвычайно тяжелыми тропическими болезнями. Супруги Кох предприняли путешествие по Африке с противоэпидемическими целями. Кох изучил целый ряд тропических болезней, начиная от тропической лихорадки и кончая це-це, болезнью, причиняемой укусом мухи це-це (как комар прививает малярийную инфекцию — плязмодию Лаверана, так муха це-це прививает паразит трипаносому). Кох разыскал муху це-це в болотах, реках и озерах, установил пути заражения от нее, указал способы борьбы с этой болезнью.
В 1898 году он вернулся в Берлин и сделал там доклад «Врачебные наблюдения в тропиках».
После этого Кох с женой предприняли настоящее кругосветное путешествие. Они побывали в Италии, Африке, Азии, на острове Яве; в октябре 1900 года экспедиция вернулась в Берлин, и Кох опять сделал доклад о результатах работы. В частности, он установил профилактическую хинизацию населения против малярии малыми дозами хинина.
После этого Кох предпринял еще ряд поездок по Африке, один раз по приглашению английского правительства. Климат Африки действовал на него благоприятно, да, вероятно, он непрочь был подальше отойти от своих немецких «друзей-врагов». По крайней мере, он достаточно прозрачно намекнул на это в своей речи на банкете, который устроили ему в день его шестидесятилетия. «Вы знаете по собственному опыту, — сказал Кох, — что исследователи, которые работают в нашей области, ныне не на розах спят… Даже при самом скромном ограничении работы, один наступает другому на ногу… И незаметно очутишься окруженным врагами. Это отнимает спокойствие и радость в работе».
