Вскоре Кох ушел на пенсию, которую он рассматривал «не как подаяние, а как дело справедливости». Он ходил в институт заниматься, но уже не как директор, а как научный сотрудник, конечно, уважаемый многими ассистентами института, бывшими его учениками. Директором института после него был назначен его бывший помощник, знаменитый бактериолог Пфейфер.
Уже в отставке, на покое, Кох продолжал изучение тех болезней, которыми интересовался раньше: туберкулеза, малярии, тропических болезней. Он продолжал путешествовать по Африке, Индии. Был в Париже, чтобы показать этот город молодой жене-артистке. Очень интересно рассказывает об этой их поездке Мечников: «С первого же дня по приезде они каждый вечер ходили по театрам. Так как Коху в то время уже переваливало за 60, то я думал, что такое времяпрепровождение должно было бы его утомить. Поэтому в последний день их пребывания в Париже, когда г-жа Кох пожелала полуночничать в монмартрских кабачках, я нашел ей провожатого среди молодых врачей, которые были непрочь повеселиться. Но Кох и тут оказался неизменным: он сам повел жену смотреть глупейшие представления на Монмартре. С большим удовольствием Кохи посещали парижские рестораны, обнаруживая вкусы, не совсем совместимые с ролью Коха как гигиениста. Он потешался над моей гигиенической последовательностью, упрекая меня в педантизме. Я думаю, что это отсутствие педантизма у Коха оказало ему дурную услугу, ускорив его смертельную болезнь.
Было видно по всему, что Кох приехал в Париж не ради научных целей. Тем не менее ему было показано, что могло его интересовать. В Пастеровском институте ему был оказан прием, которого не удостаивались коронованные особы. Весь персонал собрался в библиотеке, где Кох был встречен радушным приветствием и единодушными рукоплесканиями. Осматривая лаборатории, конюшни и остальное, он всего более интересовался техническими подробностями. Он записывал малейшие усовершенствования в способах взимания крови у лошадей, в приемах впрыскиваний и пр. Я провел его к Кюри (знаменитый изобретатель радиолучей), который показал нам опыты с радием и его эманацией. Во время своего пребывания в Париже, которым он остался очень доволен, Кох успел посетить и некоторые музеи. Осмотр Луврской галлереи под руководством моей жены убедил ее в том, что Кох был очень сведущ по части живописи и обнаруживал серьезный вкус к ней. Вообще он оказался далеко не узким специалистом. Он был очень начитан в различных областях знания. В философии он был последователем Маха, одно из сочинений которого он мне потом прислал на память. Мы с ним расстались друзьями»
