Так что маленькие дети Федора Годунова, Борис и Ирина, отнюдь не выскочили на политическую сцену Москвы, как черти из табакерки. Они с малолетства находились в окружении будущего наследника престола, выросли рядом с ним, обрели полезные связи, познали запутанный мир придворной политической игры и научились этикету. Сначала у них не было особых перспектив: никто не предполагал, что Федору предстоит управлять страной (почему царевичу и позволили взять в жены неродовитую Ирину Годунову). Даже отсутствие в молодой семье детей считалось выгодным: наследники из младших ветвей царского рода были нежелательны.
Смерть старших сыновей Грозного все переменила, отсутствие у Федора Ивановича наследника стало угрожать гибелью династии и феодальной смутой в стране. Ирина беременела, но дети рождались мертвыми (родившаяся в 1592 г. дочка Феодосия прожила только два года). Выход был один — развод, но ему противились Годуновы, да и царевич с юности был привязан к жене. Годуновым приходилось думать о том, как удержать власть, что во многом зависело от долголетия царя и сохранения его брака с царицей Ириной. Особенно это стало важно после гибели младшего сына Грозного, Дмитрия.
Дмитрий родился от одной из последних жен Грозного, Марии Нагой, брак с которой по церковным законам считался незаконным. Он с рождения страдал тяжелой формой эпилепсии («падучей болезни») и был жесток, в отца — мучил слуг, убивал домашних животных, рубил головы снежным чучелам, которых называл именами своих врагов. Получив в удел город Углич, он оставался по малолетству при отце в Москве, но с воцарением Федора был отослан в удел с матерью и всей родней. Правительство неоднократно подчеркивало, что Дмитрий, по обстоятельствам рождения, не может считаться претендентом на царский трон, и строго следило за поведением Нагих в Угличе.
В 1591 г. Дмитрий погиб при трагических обстоятельствах: в одном из припадков эпилепсии ему не успели оказать помощь, и он смертельно ранил себя ножом. Мать и родичи Дмитрия в отчаянии подняли народ на царских слуг, прежде всего на наместника царя, дьяка Битяговского. Многих убили, а в городе чуть не начался мятеж. Опомнившись, Нагие попытались обвинить убитых в заговоре с целью умертвить царевича. Но следственная комиссия, присланная из Москвы во главе с Василием Шуйским, тщательно допросила свидетелей (протоколы допросов сохранились) и описала смерть Дмитрия как случайную. Это не позволило перенести тело царевича в усыпальницу великих князей, Архангельский собор, — по церковным правилам умерших случайной («напрасной») смертью приравнивали к самоубийцам. Царевича похоронили в Угличе, и дело казалось закрытым. Однако в начале XVII в. организация убийства задним числом была приписана Борису Годунову.
