Управление страной при царе Федоре сосредоточилось в руках рода Годуновых. У них был опыт жизни в кругу семьи Грозного, связи со служившими ему дворянами («двором») и с приказной средой. Энергичные, молодые, преданные царю лично, Годуновы наполнили Боярскую думу, контролировали главные приказы (Конюшенный, Большого дворца, Казенный, Разрядный), отвечавшие за царское хозяйство, сбор налогов, финансы, армию и раздачу поместий, а также внешнюю политику. Среди Годуновых были не только опытные царедворцы (Борис Федорович, брат Ирины и, следовательно, царский шурин), но и исключительно честный казначей, управлявший хозяйством (Григорий Васильевич, в прошлом дядька царевича Федора и самый близкий ему человек), дипломаты (Степан Васильевич), смелые военачальники (Иван Васильевич), и другие. Они стали надежной опорой царя и в дни мира, и на войне.
К концу недолгого правления Федора особое влияние при решении государственных вопросов приобрел царский шурин, Борис Годунов. Он встал во главе Боярской думы, возглавил Земский приказ и неслыханно обогатился. Его чины могли вызвать зависть в самом древнем боярском роду: он владел высшим, очень редко присваивавшимся титулом царского слуги, который (впервые в истории России) совмещал с титулом конюшего боярина. В 1590-х гг. у него был уникальный, ни до, ни после невиданный титул: «царский шурин и правитель, слуга и конюший боярин и дворовый воевода и содержатель великих государств — царства Казанского и Астраханского». В переговорах с иностранными государствами, которые он пытался вести самостоятельно, Годунов, по сути дела, уже называл себя правителем страны.
Подобное возвышение кажется удивительным: всего полвека назад Годуновы были буквально ничем — обедневшим и вымирающим родом. Однако во время опричнины взлеты и падения были поистине головокружительными. Отец Бориса Годунова преданно служил Грозному: как постельничий, он отвечал за каждодневный быт и, отчасти, безопасность царя. Должность была не особенно почетной, но крайне важной: ближайшее окружение во все времена влияло на придворные назначения, а при подозрительном Иване IV этот пост в его личном окружении значил особенно много. Когда же Годуновы сблизились с другим любимцем Грозного, хрестоматийным злодеем и палачом Малютой Скуратовым-Бельским, их влияние еще возросло.
