23 апреля 1945 г. полк понес последнюю боевую потерю в Великой Отечественной войне — экипаж Ту-2 1-й АЭ — ком. звена гв. ст. л-т К. Дунаевский, штурман ст. л-т П. Нурпеисов, стрелок-радист гв. ст. с-т С. Кононов, стрелок rb. ст.''с-т М. Панфилов — не вернулся из боевого вылета на разведку Берлина. Уже после войны выяснилось, что в тот полет Дунаевский улетел больным. Полковой врач сообщила в штаб, что Дунаевский по состоянию здоровья лететь не может, но кто-то разрешил, и он со словами: «Как это, без меня Берлин возьмут!» — ушел в последний полет. Позже вспомнили, что от переутомления у командира в полете часто носом шла кровь… Впрочем, списывать все на плохое здоровье командира было бы, разумеется, не вполне правильно. Все хорошо знали, что Дунаевский практически всегда прилетал с заданий с полностью израсходованным боекомплектом — и это было не результатом ожесточенных воздушных боев, а инициативой командира, обстреливавшего с бреющего полета противника (только в феврале-марте 1945 г. он произвел 17 штурмовок). Возможно, какая-то немецкая зенитка в этот раз оказалась удачливее…
3-я АЭ гв. к-на Попова выполняла разведку по вскрытию увода судов из портов Западной Померании, эвакуации этих портов, чтобы определить направления эвакуации. 29 апреля экипаж гв. мл. л-та Рябухина в порту Свинемюнде обнаружил 260 судов, а 30 апреля экипаж гв. ст. л-т Починкова вскрыл в порту Росток свыше 100 боевых кораблей и транспортов. Это были одни из последних боевых вылетов полка в Великой Отечественной войне.
5-я РУ АЭ зимой-весной 1945 г. продолжала подготовку экипажей для ведения воздушной разведки и затем передавала их в боевые эскадрильи.
8 мая 1945 г. Германия капитулировала. Война закончилась и можно было подвести итоги. За годы войны полк произвел 4463 б/в, разведал 19646 городов и крупных населенных пунктов, 16836 ж/д узлов и станций, 4469 аэродромов. Над 50 морскими портами разведчики побывали более 230 раз. На врага сброшено 265 тонн бомб. В глубокий тыл противника для выполнения специальных заданий Разведуправления ГШ переброшено 278 человек, сброшено с воздуха 65275 кг специальных грузов. 462 вылета на разведку сопровождались штурмовкой войск противника. В воздушных боях сбито 7 немецких самолетов. Протяженность всех сфотографированных маршрутов с 30 % перекрытием между снимками составляет 516 000 км (это расстояние в 12,5 раз больше окружности Земли).
Менее заметную, но от этого не менее важную работу проделал инженерно-технический состав. В боевых условиях произведен капитальный ремонт 38 самолетов, средний и текущий ремонт 135 машин и полевой ремонт еще 270. Кроме этого, заменено 270 авиационных моторов, 45 самолетов оборудовано дополнительной бензосистемой, а 55 — фотоустановками, подготовлено 102 фотоустановки.
