Но Москва не желала никаких переговоров. Немцам было в категорической форме предложено немедленно сложить оружие и выдать мятежников. Те были вынуждены согласиться на это условие.
Ярославские мятежники оказались в руках советских военных органов. Еще в самом начале восстания советское правительство приняло решение о немедленном расстреле всех членов «Союза защиты родины и свободы», решив, что «заключение членов этого преступного сообщества в тюрьмах не достигает цели».
Для выполнения этого решения после подавления восстания в Ярославле туда была направлена группа сотрудников ВЧК во главе с членом коллегии Д.Г. Евсеевым. Все арестованные офицеры и многие другие жители города, причисленные к мятежникам, были немедленно расстреляны. Масштабы этих расстрелов значительно превысили масштабы тех, которые произвели мятежники, захватившие город и удерживавшие его 16 дней. Это стало составной частью «красного террора», начатого большевиками после покушения на В.И. Ленина.
В завершение этой печальной истории нужно сказать, что через тринадцать дней после начала восстания заключенные на барже советские активисты каким-то образом освободились и вместе с баржей прибыли в расположение советских войск. По одним сведениям, им удалось уговорить охранников способствовать их побегу, по другим — они смогли хитростью захватить баржу и перебили охрану.
Вскоре после подавления восстания, 15 августа 1918 года, М.В. Фрунзе назначается военным комиссаром Ярославского военного округа. По сегодняшним меркам — должность командующего войсками военного округа. Военным руководителем этого округа стал бывший генерал Ф.Ф. Новицкий.
Ярославский военный округ по своему стратегическому положению занимал видное место в обороне Советской Республики. В него входило восемь центральных губерний страны (Ярославская, Костромская, Владимирская, Тверская, Иваново-Вознесенская, Вологодская, Архангельская и Северодвинская). Военный комиссар округа подчинялся непосредственно Народному комиссариату по военным делам и являлся крупнейшей военно-административной единицей в военной структуре Советского государства.
В связи с развертыванием боев на Восточном фронте важнейшей задачей Ярославского окружного комиссариата по военным делам стало формирование новых соединений Красной армии, предназначенных для усиления этого фронта.
Решая эту задачу, в сентябре М.В. Фрунзе отдает приказ о формировании пяти дивизий в период с 15 октября по 15 ноября 1918 года. Командный состав этих соединений планировалось укомплектовать «инструкторами, окончившими инструкторские курсы», а также «бывшими офицерами и военными чиновниками, с проведением их через соответствующие аттестационные комиссии». При этом были предусмотрены жестокие репрессивные меры для уклоняющихся от призыва бывших офицеров и членов их семей.
