В начале 1960-х гг. удалось заинтересовать начальника Главного управления кораблестроения ВМФ адмирала Н.В.Исаченкова, которого Алексеев пригласил в Горький. Адмирала ознакомили с развернувшимися работами по экрапопланам и перспективным предложениям, в том числе по крупным серийным кораблям. Эти два выдающихся инженера сумели найти общую точку зрения на «летающие» корабли. Возможно посещения ЦКБ по СПК Д.Ф. Устиновым, Б.Е. Бутомой, С.Г. Горшковым и Н.В Исаченковым предопределили дальнейшее развитие экранопланостроения в нашей стране.
По линии Минсудпрома к работам по экранопланам подключились ЦНИИ им. акад. A.Н. Крылова ЦНИИтехнологии судостроения и ЦНИИ «Электроприбор». В составе министерства создали специальное управление по экранопланам (руководитель М.В Псарев) а для организации взаимодействия между МСП, МАП и ВМФ — специальный Совет под председательством министра судостроительной промышленности, с заместителями — министром авиационной промышленности и Главнокомандующим ВМФ. Главком ВМФ поручил Главному управлению кораблестроения привлечь все центральные управления ВМФ, непосредственное курирование работ возлагалось на ЦНИИ ВК. Сразу же после поездки в ЦКБ Н.В.Исаченкова в ведущий институт Заказчика — ЦНИИ ВК — последовали распоряжения сформировать группу специалистов, изучить результаты работы Р.Е.Алексеева, «освоить» создаваемые образцы и выступить в качестве заказчика этой перспективной техники. Группу специалистов возглавил капитан 1 ранга В П. Ивашкевич. На протяжении многих лет его группа тесно сотрудничала с Р.Е. Алексеевым. С этого времени деятельность ЦКБ по СПК по заказу ВМФ осуществлялась в нескольких направлениях создание транспортно-десантного корабля ударного корабля, противолодочного экраноплана.
Военные моряки принимали самое активное участие в разработке крылатых кораблей на всех этапах, начиная с проектных исследовании и заканчивая сдачей документации в серийное производство. Служба наблюдения заказчика существовала и на экспериментальной базе ЦКБ (ИС-2).
Следует отметить что Главком ВМФ не сразу воспринял «летающие корабли» Алексеева. Рассказывают, что перед обсуждением очередного проекта экраноплана Главком ВМФ Адмирал Флота Советского Союза С.Г. Горшков, обращаясь к проектантам из ЦКБ задал вопрос «Скажите мне, прежде всего, что такое экраноплан? Летающий корабль или плавающий самолет? Если самолет, то я закажу проект Туполеву, если корабль, то поручу вам», Конечно, все дружно отвечали, что это корабль, по «с большими признаками летательного аппарата!»
