Очевидным недостатком было отсутствие закрылков — после касания полосы самолёт мог скользить по бетону около километра, что требовало от лётчика-испытателя очень точного захода на посадку. Хотя при проектировании Ме163 было получено около полусотни патентов на различные технические изобретения, новая машина оказалась не лишена серьёзных недостатков. Ретроспективно рассуждая, приходится констатировать, что задержки с поставкой двигателя весьма благотворно сказались на конструкции самолёта, поскольку продолжавшиеся планёрные испытания выявили на скорости 360 км/ч флаттер руля направления, а на 520 км/ч — флаттер элевонов. В обоих случаях опасное явление удалось устранить перебалансировкой управляющих поверхностей, благодаря чему вскоре в безмоторном пикировании Диттмару удалось достичь скорости 850 км/ч.
Надо заметить, что демонстрационные полёты со скоростным пикированием производили сильное впечатления на периодически посещавших авиабазу чиновников и офицеров Министерства авиации. Заглянул летом 1941 г. на аэродром как-то и шеф Управления технического снабжения генерал-майор Удет. К этому времени уже были построены четыре опытных Ме163, а пятый находился на сборке. Поскольку двигателей Вальтера по-прежнему не было, то Липпиш продолжал безмоторные полёты, постепенно улучшая конструкцию планера самолёта и системы управления. Так, в частности, на Me163V4 появились закрылки, существенно сократившие посадочную дистанцию. В ходе устроенного показательного полёта Ме163, Удет был поражён высокой скоростью самолёта на пикировании и практически бесшумным полётом, сопровождаемым только чуть слышным шелестом воздушного потока. Удивлённый скоростными характеристиками летательного аппарата, генерал-майор спросил конструктора о двигателе и был чрезвычайно удивлён узнав, что КБ Вальтера до сих пор не подготовило к установке на самолёт HWK R П-203Ь.
В мае в КБ Вальтера, располагавшееся в Киле, был доставлен деревянный макет Ме163, на котором была начата отработка установки HWK R II-203b, а уже 18 июня на макете начались стендовые огневые испытания с целью выяснения, насколько безопасна разработанная установка двигателя для самого самолёта.
Тем временем начатая 22 июня 1941 г. операция «Барбаросса» развивалась в целом по заранее разработанному плану, и в высшем руководстве Германии возобладало мнение, что эту войну удастся выиграть уже имеющимся оружием. В результате финансирование разработок, которые не могли принести практические результаты в течение 18 месяцев было значительно сокращено, а многие исследовательские программы оказались и вовсе закрыты. Лишилась части финансирования и программа Ме163, в результате чего с целью экономии средств Липпиш решил отказаться от строительства шестого прототипа. Впрочем, в сравнении с тем, что «проект 1065» (Ме262) был вообще чуть не закрыт из-за отсутствия двигателей BMW003, отказ от постройки одного прототипа выглядел сущим пустяком.
