В Шлиссельбургской крепости Иоанна содержали в одиночном заключении. О том, кто он такой, знали только три офицера из его охраны. Им было запрещено говорить ему, где он находится. Даже комендант крепости не знал, кто содержится в ней под именем «известного арестанта». Однако Иоанн называл себя государем. Вопреки строгому запрещению обучать его он как-то научился грамоте, тогда ему разрешили читать Библию.
Елизавета Петровна объявила своим наследником племянника Петра Федоровича (Петра III). Он был сыном цесаревны Анны (дочери Петра I) и герцога Гольштейн-Готторпского Карла Фридриха. Петр III — внук императора Петра I и внучатый племянник короля Швеции Карла XII — стал родоначальником Гольштейн-Готторпской линии дома Романовых на российском престоле, правившей до 1917 года.
С воцарением Петра III после смерти Елизаветы Петровны в 1761 году (как вы помните, эту смерть предсказала блаженная Ксения) участь шлиссельбургского узника скорее ухудшилась, чем улучшилась, хотя Петр выказывал намерение освободить его. Но это были лишь разговоры. Однако встреча нового императора со свергнутым Иоанном VI Антоновичем — инкогнито— все же состоялась в марте 1762 года. Спутниками Петра III были генерал-полицмейстер барон Корф, Александр Нарышкин, статский советник Волков и фон Унгерн. Подробности этого посещения таковы.
Петр III «пошел со своими спутниками в казематы, где содержался принц, и нашел, что жилище довольно сносное и скудно снабжено самой бедной мебелью. Одежда принца была самая бедная. Он был совершенно без всяких понятий и говорил бессвязно. То он утверждал, что он император Иоанн, то он уверял, что этого императора нет больше на свете, а его дух перешел в него. После первого вопроса «кто он такой?» он отвечал: «Император Иван». Его потом продолжали спрашивать, как это ему пришло в голову, что он принц или император? Откуда он про это узнал? Он отвечал, что знает об этом от своих родителей и от солдат. Продолжали спрашивать, что он знает о своих родителях? Он уверял, что еще помнит их».
Петр III процарствовал лишь полгода и был свергнут с престола своей женой Екатериной II. Новая инструкция о содержании в крепости Иоанна VI Антоновича, написанная новым охранникам, гласила: «Разговоры вам употреблять с арестантом такие, чтоб в нем возбуждать склонность к духовному чину, то есть к монашеству, и что ему имя тогда надо переменить, а называть его будут вместо Григория — Гервасий («копьеносец»), толкуя ему, что житие его Богом уже определено к иночеству. В покое с ним в ночное время ночевать вам обоим. Ежели, паче чаяния, случится, чтоб кто пришел с командой или один, хотя бы то был и комендант или иной какой офицер, без именного за собственноручным Его императорского величества подписанием повеления или без письменного от меня приказа, и хотел арестанта у вас взять, то одного никому не отдавать, а почитать все за подлог и неприятельскую руку. Буде же так оная сильна будет рука, что спастись не можно, то арестанта умертвить, а живого его никому в руки не отдавать. Н. И. Панин».
