Иоанн с Богородицей тоже могли укрыться на время в тихой Галилее или другой стране, где не преследовали христиан. Но Иоанн полагал, что именно в тяжелые времена проповедник должен оставаться со своей паствой. К тому же он занимал высокое положение в общине вместе с Петром и своим братком Иаковом. Но Петр и Иаков должны были часто отлучаться для устройства дел в других христианских общинах, которых становилось все больше. Поэтому Иоанн до 44 года оставался в Иерусалиме.
Этот год принес Иоанну новые испытания и скорби. На 72 году жизни почила Пресвятая Богородица. Ее погребли в Гефсимании у Елеонской горы. Словно Промысл Божий собрал в этот день почти всех апостолов в Иерусалиме, хотя обычно они отсутствовали, проповедуя во всех концах земли. Не было только Фомы.
Он вернулся на третий день и очень скорбел о своем опоздании. Фома уговорил апостолов открыть гроб Богородицы, чтобы попрощаться с Ней. Апостолы, жалея Фому, посовещались и открыли гроб. Но тела Божьей Матери в нем не оказалось! В тот же день после трапезы и молитвы апостолы увидели Пресвятую Богородицу в окружении ангелов в сиянии небесной славы, возносившуюся к небу. Господь взял Ее к Себе.
В том же 44 году незадолго до Пасхи по приказу Ирода Агриппы был обезглавлен старший брат Иоанна Иаков. Он стал первым мучеником из двенадцати апостолов. Начали сбываться предсказания Спасителя о будущем Его учеников: «Чашу мою будете пить и крещением моим будете креститься».
После Успения Богородицы настали не менее тяжелые годы для Иоанна. Преследования христиан продолжались. Петр ходил проповедовать в Антиохию, Коринф, Понт, другие апостолы — в Египет и Индию. Иоанн тоже благовествовал у парфян и в Антиохии. Это было время рассеяния для апостолов. Они уже не могли подолгу оставаться в Палестине, потому что христианские общины, возникающие по всему свету, требовали опеки и наставлений.
Об этом периоде жизни Иоанна мало сохранилось сведений в исторических источниках и апокрифах. Апостол Павел говорил об Иоанне: муж «знаменитый, особенно славнейший»>1 Эта высокая оценка позволяет предполагать, что любимый ученик Христа к тому времени занимал очень высокое положение не только в иерусалимской общине. Он был известен как проповедник и устроитель церквей далеко за пределами Палестины. Возможно, в эти годы, в середине первого тысячелетия от Рождества Христова, Иоанн взялся за перо...
По преданию, на одном из собраний старейшин Церкви или на Апостольском Соборе, проходившем в 49 году, Иоанн встал и вдруг произнес, словно помимо своей воли, а только по Божественному вдохновению и произволению, первые слова своего Евангелия:
