Наиболее опытный в духовной жизни старец назначался духовником для всей братии. Первым духовником в Святотроицкой обители стал Савва, впоследствии основатель Сторожевского монастыря под Звенигородом. Потом эту должность исполнял Епифаний, автор жития преподобного Сергия.
Множество и других служб и должностей было в общежительном монастыре. Один из братиев, прозванный «будильником», поднимал утром в один и тот же час всю обитель. Часть иноков работала в монастырской братской больнице или ухаживала за старыми и больными. Епифаний с любовью писал о своем учителе: «Все это чудесный тот человек хорошо устроил». Игумен сумел каждому иноку найти работу по его способностям и возможностям. В короткое время в преподобном открылся еще один дар — недюжинный талант организатора. Он сумел установить в обители образцовый порядок и поддерживать его. Это тем более удивительно, что Сергий никогда не повышал голоса, не применял строгость и наказание, а действовал исключительно кротким вразумлением и тихой беседой.
Вот как протекали дни в обители. Рано утром «будильник» подходил к келье игумена и громко говорил в окошко:
— Благослови и помолися за мя, отче святый!
— Бог спасет тя! — отвечал игумен.
«Будильник» ударял в малое било и обходил все кельи, под каждым окном восклицая: «Благословите, святые!» — и дожидался отклика, чтобы убедиться, что все проснулись. Затем пономарь ударял в большое било, призывая всех братиев на утреннюю молитву.
После введения общежития гораздо больше времени стало уделяться общей, или церковной, молитве. При особножитии иноки могли молиться у себя в келье. Преподобный Сергий установил строгий порядок — семь богослужений в сутки: «И полуношницу, и заутреню, и часы — и третий, и шестой и девятый, — и вечерю, и нефимон». Преподобный сам каждый день служил литургию, моля Бога о смирении всего мира, и о благосостоянии святых церквей, и о православных царях и князьях, и о всех православных христианах. Церковная молитва была больше прошением о спасении мира, а келейная — о спасении души самого инока.
Устав также требовал, чтобы все братия, за исключением больных и старых, трудились. Игумен подавал пример, работая за двоих. Он шил обувь и одежду для братиев, любил обихаживать монастырский огород. В поздние времена обитель была достаточно богата и обеспечена продуктами и овощами, но преподобный не позволял уменьшить огороды и пашни, зная большое душеполезное значение труда, в особенности труда на земле.
