Несмотря на грамоту патриарха, волю митрополита и игумена, некоторые монахи не приняли общежития и тайно покинули монастырь. Одни — пугаясь жесткого устава, другие, наоборот, — нуждаясь в большем уединении и свободе для личной молитвы. Сергий их не осуждал. Он сам мечтал быть отшельником, прожить всю жизнь в глуши Радонежских лесов, молясь о грехах мира. Но Господу было угодно возложить на него тяжелый крест — стать игуменом большого монастыря, советником князей, пророком и утешителем для тысяч людей.
На Руси недаром появился еще один тип монашества, кроме общежития и особножития, — отходничество. Когда подвижник удалялся в наиболее глухие и безлюдные места, по нескольку лет жил в дупле дерева или землянке, отдаваясь молитве и молчанию. Преподобный Сергий очень почитал отходников и всегда давал своим ученикам благословение на этот трудный подвиг. Но он понимал, что пустынниками могут быть только стойкие духом единицы, а русской земле в то время нужны были большие монастыри как оплоты государственности и предвестники духовного освобождения от татарского ига. Поэтому все свои силы Сергий отдал строительству этих оплотов.
В то время у Святотроицкой обители было достаточно средств, чтобы начать большое строительство. Введение общежития требовало постройки общей трапезной, поварни, пекарни, монастырских кладовых, амбаров и других зданий.
Епифаний перечисляет некоторые новые службы и должности, которые ввел игумен в монастыре. Келарь еще в древних монастырях был казначеем, экономом и благочинным. Он ведал монастырской кладовой, где хранились все съестные припасы. Келарь считался вторым лицом в монастыре после игумена, и поэтому возлагалась эта должность на самого уважаемого и почтенного из братии. Первым келарем в Святотроицкой обители стал ученик преподобного Никон. Летописец отметил, что не всякий родитель так заботился о своих детях, как келарь Никон о братиях-иноках и о всех нищих и больных, приходивших в обитель за подаянием и помощью.
Повар хозяйничал в монастырской поварне или кухне, хлебник выпекал хлебы, трапезники разносили еду во время обеда. За соблюдением порядка в церкви во время богослужения наблюдал экклезиарх, по-нынешнему уставщик. Должность уставщика исполнял Симон из Смоленска, очень близкий к игумену человек. Ему помогали дьячки и пономари. Один из пономарей именовался кадиловозжигателем. Он обязан был соблюдать чистоту в храме, зажигать и гасить лампады и свечи, приготовлять кадило и «заведовал звоном».
