Вступив в монастырские ворота после пятнадцатилетнего пребывания в пустыни, отец Серафим, не заходя в свою келью, отправился прямо в больницу. Когда ударили в колокол, батюшка явился на всенощное бдение. Братия удивилась, что отец Серафим решился жительствовать в обители. Удивление еще больше возросло, когда на следующий день, причастившись после ранней литургии, подвижник направился в келью настоятеля Нифонта и, приняв от него благословение, водворился в прежней своей монастырской келье: у себя он никого не принимал, сам никуда не выходил и не говорил ни с кем ни слова, то есть принял на себя подвиг затворничества.
В келье для отсечения своеволия батюшка не имел ничего даже из самых необходимых вещей. Икона, перед которой горела неугасимая лампада, и обрубок пня, служивший взамен стула, составляли все имущество. Он совсем не употреблял огня для своих целей.
В течение всех лет затвора старец в воскресные и праздничные дни причащался Святых Тайн, которые преподавались ему в его келье после ранней литургии.
На груди он теперь носил тяжелый пятивершковый (22 см) железный крест. Собственно же вериг, вероятно, не носил, рассуждая так: «Кто нас оскорбит словом или делом и если мы перенесем обиды по-евангельски — вот и вериги наши, вот и власяница». Пищей ему служила рубленая белая капуста и толокно. Воду и пищу относил батюшке сосед по келье монах Павел. Затворник, покрывшись полотенцем, чтобы никто не видел его лица, выходил из дверей и на коленях, как великий дар Божий, благоговейно принимал посуду с нехитрой пищей.
По-прежнему сложно и велико было «молитвенное правило» батюшки Серафима. Между прочим, в течение недели он прочитывал весь Новый Завет и, читая, толковал Писание вслух. Многие подходили к его двери и слушали с радостью мудрые словеса. В сенях у него стоял дубовый гроб, сделанный собственными руками. Чтобы не забывать о смертном часе, об исходе из этого мира, старец подолгу молился около гроба и просил похоронить его именно в нем.
По ночам он выходил иногда из кельи, чтобы подышать свежим воздухом, тихо читал Иисусову молитву, переносил дрова поближе к братским кельям.
После пятилетнего строгого затвора старец внешне несколько ослабил его. Каждый мог войти к нему, так как он отпер дверь кельи. Старец не стеснялся присутствия других людей при своих духовных занятиях, но на вопросы ответов не давал.
Тамбовские архиереи любили посещать Саровскую пустынь, как правило, делали это в храмовый праздник Успения Богородицы. В одно из таких посещений епископ Иона (впоследствии экзарх Грузии), желая видеть отца Серафима, пришел к его келье, но тот не нарушил своего затвора и не вышел к епископу. В этом случае отец Серафим руководствовался, видимо, примером из жизни Арсения великого (V век), которому подражал в подвигах затвора и молчания. Феофил, архиепископ Александрийский, желая прийти к Арсению, послал наперед узнать, отворит ли он ему двери. Арсений отвечал: «Если тебе отворю, то и для всех отворю»…
