Пехота заняла крепость, не встретив сопротивления. Все боеприпасы и склады были конфискованы, а вместо знамени с изображением святого Георгия был поднят турецкий флаг. Затем на берег сошел сам Пиале-паша в белых парчовых одеждах и проехал на коне по городу, по пути распорядившись посадить на кол, в назидание прочим, двух солдат, обидевших мирных горожан. Ночь адмирал провел в городе, улицы которого патрулировали его войска.
На следующий день Пиале-паша приказал уничтожить идолов в церквях, из которых две самые лучшие превратить в мечети, хотя католическому епископу и был оставлен его собор. Было арестовано пять сотен человек, не являющихся постоянными жителями Хиоса, в том числе множество рыцарей Мальтийского ордена и несколько знатных людей из Неаполя и Мессины. Их погрузили на турецкие галеры, чтобы потом продать или получить за них выкуп. Тем временем адмирал снова принял перепуганных управляющих «Магоны». Велев им сесть, он сел и сам, после чего совершил любопытную и, вероятно, весьма древнюю церемонию, знаменующую передачу власти от генуэзцев османам. Держа в одной руке лук, а в другой — три стрелы, он сказал, что желает знать, подчиняются ли его собеседники воле султана. Те ответили, что всегда были рабами султана и что его приказы останутся написанными на их лбах. Пиале-паша повторил этот ответ на свой вопрос, после чего вся процедура была повторена еще дважды. Наконец Пиале-паша встал, отдал лук и стрелы своему оруженосцу и спокойно обратился к присутствующим: «До того как получить приказ, я ни о чем не догадывался. У меня не было времени привести аргументы против — мне оставалось лишь подавить свои чувства и отправиться выполнять приказ. Я выполнил его самым мягким образом, какой только был возможен, и клянусь головой моего повелителя и саблей, которая висит у меня на поясе, что я действовал далеко не так строго, как мне было предписано. Так что не падайте духом и знайте, что я обязательно сделаю все, что в моих силах, чтобы облегчить вашу участь».
Генуэзцам сохранили жизнь, однако управляющие «Магоны» были сосланы в Кафу, бывшую генуэзскую колонию на Черном море, а рыбешке помельче пришлось, чтобы заплатить за себя выкуп, продавать свои дома по дешевке. Так наследственная недвижимость перешла в руки турок, в которых и оставалась до 1912 года, когда Хиос оккупировала греческая армия. В крепости был размещен гарнизон из всего лишь семи сотен солдат: остров находился достаточно близко к побережью Малой Азии, чтобы можно было быстро перебросить подкрепление, если Генуя или, что было возможно, испанский король попытаются нанести ответный удар. Через два месяца, оставив на Хиосе полноценную османскую администрацию во главе с привезенным из Стамбула венгерским ренегатом,
