Османы всегда интересовались эффективными формами самоуправления. Они включили в состав собственного законодательства саксонские законы о рудном деле, унаследованные ими вместе с балканскими рудниками, и превратили сербских войнуков в военную организацию на своей службе. «Турки испытывают глубокое уважение к обычаям других народов, — полагал Бусбек, — даже если они идут вразрез с их религиозными убеждениями».
Власти империи считали необходимым, чтобы каждый подданный принадлежал к некой управляемой группе людей, будь то свита какого-нибудь могущественного человека, или один из ремесленных цехов, которые регулировали качество и стоимость изделий, производимых их членами, предписывали им, где жить, но оказывали поддержку в тяжелые времена, или полк, или религиозное братство, или хотя бы просто деревня, за которую отвечает старейшина. Отношения внутри мусульманской общины регулировал Коран — документ столь же юридический, сколь и религиозный; и хотя долгом султана было следить за тем, чтобы исламский закон оказывался выше в любом споре между мусульманами и неверными, считалось само собой разумеющимся, что у христиан и иудеев тоже должны быть свои законы. Каждый в зависимости от своей веры принадлежал к тому или иному миллету, и до тех пор, пока миллет не вступал в конфликт с исламской организацией общества, платил налоги и вел себя мирно, его верхушке предоставлялась свобода в управлении своими единоверцами.
Власти старались сделать систему миллетов как можно более простой. До османского завоевания греческая церковь признавала несколько других православных церквей, однако Мехмед II уничтожил их независимость и подчинил всех православных христиан вселенскому патриарху Константинопольскому, которому предоставил три бунчука и широкие полномочия, как церковные, так и светские, в деле управления своей паствой. Вскоре после этого оформился еврейский миллет. Григорианскому патриарху было поручено управлять не только армянским населением империи, но и всеми теми, кто не вписывался в рамки ни одного миллета: цыганами, ассирийцами, монофизитами Сирии и Египта, болгарскими богумилами. Армянский миллет оказался весьма полезным с этой точки зрения: позже в него включили ливанских маронитов, признающих духовную власть римского папы, католиков Венгрии, Хорватии и Северной Албании, а также армян-униатов Киликии и Палестины.
Протестантизм, защищенный от громил Контрреформации, привольно чувствовал себя в османской Венгрии. Дань мальчиками здесь никогда не взималась; здесь же имел место единственный на Балканах случай поощрения перехода местных жителей в ислам. Данные кадастровых книг XVII века свидетельствуют о том, что во всем балканском регионе происходило примерно по триста обращений в год, причем это было явление исключительно городское. Империи нужны были налогоплательщики, а не мусульмане, и одной из задач, которую решала система девширме, вызывавшая такой гнев у западных наблюдателей, было как раз ограничение количества обращений в ислам. Мехмед Завоеватель всегда встречался с патриархом Геннадием у дверей церкви, не входя внутрь, — не потому, что боялся оскверниться в молельне неверных, а как раз наоборот — чтобы не освятить ее своим присутствием: ведь земля, на которую ступал султан, становилась священной,
