Дело в том, что боярин Шеин, разгромив стрельцов, схватил главных зачинщиков и после весьма поверхностного расследования велел их казнить, а бунтовавшие полки распределил по уездным городам и подмосковным монастырям.
Петр решил возобновить розыск, причем все руководство им взял в свои руки. Начал он с топ в столицу всех стрельцов мятеж общей сложности 1041 человек.
Начался страшный стрелецкий розыск: работа в застенках кипела и день, и ночь. Используя пытки и истязания, следователи, и среди них Петр, пытались установить причастность к заговору Софьи. Но вытягивание признания с помощью огня, палок и батогов не дало прямых улик против Софьи. Тайну заговора унесли с собой в могилу главари движения, поспешно и неосмотрительно казненные Шейным. Тогда Петр отправился в келью Новодевичьего монастыря, чтобы лично допросить Софью.
Петр не встречался с сестрой в течение 10 лет, то есть с тех пор, как она была сокрушена в 1689 г. Жизнь ее в заточении не отличалась суровым режимом. В этом сказался тоже характер царя — он не мстил поверженным противникам и как бы вычеркивал их из своей памяти. Софье предоставлялись условия для общения с внешним миром, она имела прислугу, получала подарки от родственников.
При встрече брата и сестры столкнулись два. одинаково суровых и непреклонных характера. Зная о том, что в распоряжении Петра нет прямых удик против нее, Софья решительно отрицала свою причастность к стрелецкому бунту и существование каких-либо контактов с главарями движения. Она отклонила и заявление одного из стрельцов, добытое под пытками, что в полках будто бы читали присланное ею письмо.
По жестоким законам того времени всякие выступления «скопом и заговором» против властей карались смертью. Следовательно, все стрельцы, независимо от того, активно или пассивно они вели себя во время бунта, подлежали казни.
Стрелецкий розыск начался 17 сентября. Еще не было закончено следствие, как начались казни. Первая партия стрельцов численностью в 201 человек подверглась казни 30 сентября. Кортеж из десятков телег, на каждой из которых сидели по два стрельца с зажженными восковыми свечами в руках, медленно двигался из Преображенского в Москву. У Покровских ворот в присутствии Петра, высших сановников и иностранных дипломатов стрельцам зачитали царский приговор о предании «воров и изменников и крестопреступников и бунтовщиков» смертной казни.
Вспомним знаменитую картину Василия Сурикова «Утро стрелецкой казни». На телегах в ожидании казни сидят стрельцы. Каждый из них по-своему готовится к смерти. Лица одних выражают скорбь, других — раскаяние и мольбу, в глазах третьих светятся ненависть и презрение, четвертые находятся в состоянии шока. Поодаль виден силуэт Петра, по чьему сигналу вот-вот должна начаться кровавая расправа.
