И прошлое и современное устройство Мальтийского ордена — монархия. Его главой является Великий Магистр, имеющий титул Князя Священной Римской Империи. Полный титул Великого Магистра на латинском языке: Dei gratia Sacrae Domus Hospitalis Sancti Johannis Hierosolymitani et Militaris Ordinis Sancti Sepulchri Dominici Magister humilis pauperumque Jesu Christi custos, который переводится так: Божией Милостью Священного Странноприимного Дома Святого Иоанна Иерусалимского и Рыцарского ордена Святого Гроба Господня Смиренный Магистр и убогих во Христе Иисусе Охранитель. Часть этого титула знаменует пожалование Великому Магистру Пьеру д’Обюссону магистерства в Ордене святого Гроба, сделанное папой Иннокентием VIII в 1489 г., носившее временный характер.
Обладая рангом кардинала и принца королевской крови так же, как и достоинством князя Священной Римской империи и в прошлом правящего князя Родоса, а затем Мальты, Великий Магистр пользуется как титулом Высокопреосвященства, так и титулом «Eminenza» т. е. «Высочества», точнее «Высокопреосвященнейшего Высочества». Он признаётся на международном уровне главой государства, пользуясь соответствующими суверенными почестями[4].
У современного Суверенного Мальтийского ордена нет парламента в привычном для нас смысле. Великий Магистр управляет орденом при содействии Суверенного Совета, который он сам возглавляет и который состоит из четырех высших должностных лиц Великого Магистерства, избираемых Генеральным Капитулом: Великий Командор, Великий Канцлер, Великий Госпитальер и Держатель Общего Казначейства, а также из шести членов Совета. Обладатели этих должностей выбираются из числа рыцарей, принесших обеты, и, в виде исключения, из числа рыцарей послушания (профессов)[5]. Папа римский назначает своим представителем при Суверенном Мальтийском ордене Кардинала Римской Церкви. Он именуется Cardinalis Patronus (Кардиналом-Покровителем) и пользуется помощью Прелата ордена, который также утверждается папой. Прелат ордена — это церковный руководитель орденского духовенства и помощник Великого Магистра в его попечении о духовном благополучии ордена. Иными словами, Прелат занимается духовным окормлением рыцарей.
Жизнь и деятельность современного Суверенного Мальтийского ордена регулируются Конституцией, утвержденной папой, и Кодексом (Сводом законов). Последняя редакция этих основополагающих документов была утверждена папой Иоанном-Павлом II в 1998 г.
