Титул эксиларха (реш галута по-арамейски, то есть «глава пребывающих в изгнании») предоставлялся политическому и судебному лидеру еврейской общины вне Иерусалима; впервые он был упомянут еще во II в. н.э. Эксиларх Йеѓуда бен Йосия утверждал, что ведет свое происхождение от царя Давида, как и его предшественники. Он был мудрым и просвещенным человеком; ему было известно, что Маймонид зарекомендовал себя ведущим еврейским ученым Египта, что его почитают за послание к йеменским евреям и «Комментарий к Мишне». Возможно, он также знал, что уже шесть лет как Маймонид работает над другим большим трудом, который впоследствии получит название Мишне Тора. Поэтому эксиларх Йеѓуда бен Йосия объявил, что все постановления Маймонида в области еврейского Закона являются непреложными, как если бы они были подписаны самим эксилархом. Это означало, что теперь Маймонид был духовным лидером всех евреев, живущих в империи Салах Ад-Дина.
Маймонид больше не терял времени на полемику с караимской ересью. Вместе с девятью другими учеными он издал эдикт, гласящий, что замужняя женщина, совершающая ритуальное очищение после месячных в соответствии с караимскими нормами (то есть без погружения в воды миквы) — похоже, это было широко распространено в те времена, — не соблюдает предписания законоучителей Талмуда, и потому с ней следует развестись без выплаты по ктубе (брачному договору). Для женщин это была действенная угроза, и многие из них возвратились к раввинистическим ритуалам. В последующие десятилетия это намеренно жесткое предписание привело к почти полному исчезновению караимов из арабских стран, хотя, по-видимому, немало караимов также обратилось в ислам.
Именно в этот период Маймонид исполнил ѓалахическое предписание, согласно которому каждый еврей обязан написать свиток Торы. Маймонид переписал высоко чтимый свиток, привезенный из Иерусалима в Египет на хранение в то время, когда крестоносцы убивали иерусалимских евреев, разрушали их дома и синагоги. Свиток, написанный рукой Маймонида, уже давно утрачен. Самым примечательным в нем были не его каллиграфические или графические особенности, но сам факт, что человек, чья медицинская практика росла с каждым днем; ученый, который получал все больше и больше посланий с вопросами из дальних стран и с которым постоянно советовались члены его собственной общины; который во всякую свободную минуту погружался в Писание и комментарии; который, дабы увеличить свой доход, преподавал философию и прочие науки; который к любой своей обязанности относился так, как если бы она была единственной, — что этот человек нашел время, чтобы собственноручно написать свиток Торы, а ведь это требует пристальнейшего внимания ко всем деталям, поскольку малейшая ошибка сделает свиток некошерным, то есть непригодным к использованию.
