Столкновения херсонесского и скифского государств происходят одно за другим и принимают характер затяжных войн. Херсонес выстоял только благодаря военной помощи царя Понта Митридата VI Евпатора, но попал в зависимость от своего покровителя. После поражения Митридата в войне с Римом Херсонес оказался под влиянием РИМСКОЙ республики, а затем империи. В городе до V в. н. э. с небольшими перерывами стоит римский гарнизон, гавань Херсонеса служит базой римского флота.
С V в. Херсонес переходит в подчинение Византийской империи и до конца своей активной истории остается ее форпостом в Крыму.
В IX в. Крым попадает в сферу политических интересов Киевской Руси. К 988 г. относится знаменитая осада Херсона (так называют Херсонес византийские источники) киевским князем Владимиром. Следствием похода на Херсон (Корсунь - в русских летописях) было принятие Русью христианства, что имело в то время прогрессивное значение.
После взятия крестоносцами Константинополя (1204 г.) Византийская империя распалась на три независимых государства. Херсон оказался в подчинении одного из них - Трапезундской империи, которая находилась на южном побережье Черного моря.
С ослаблением центральной власти в Крыму усиливается влияние местных владетелей, возникает крупное по тому времени государственное образование - княжество Феодоро со столицей на горе Мангуп. В пределах нынешней пригородной зоны Севастополя от него зависела, вероятно, вся территория, кроме Гераклейского полуострова и Балаклавы.
Князь Алексей, владетель Феодоро, в 1427 г. восстановил существовавшее еще в VI в. укрепление на вершине нынешней Монастырской скалы. Так возникла крепость Каламита, позднее получившая название Инкерманской.
В 1299 г. Херсон сильно пострадал от орд Ногая. Но погиб город не от набегов кочевников. В XIII в. на побережье Крыма появились сначала венецианцы, а затем генуэзцы. В середине XIV в. последние обосновались по соседству с Херсоном - в бухте Символов, основав там крепость Чембало (Балаклава). Это и нанесло смертельный удар основе существования города - его торговле.
Известно, что в 1440 г. рукоположен последний митрополит Херсонский. К этому времени город был полностью покинут жителями и резиденция митрополита находилась, вероятно, в одной из деревень, подчинявшихся консулу Чембало.
Летом 1475 г. к центру генуэзских колоний - Кафе (Феодосия) подошел турецкий флот. Вскоре все генуэзские крепости, в том числе Чембало, пали под ударами турок. После героического сопротивления был взят Мангуп - столица княжества Феодоро. Почти три столетия южное побережье Крыма, все земли княжества Феодоро, в том числе Балаклава и Каламита, находились в составе коронных владений султана, а Крымское ханство (образовалось оно в середине XV в.) - в вассальной зависимости от Турции. Все это время соседние государства - Россия, Украина, Польша - подвергались опустошительным набегам крымских феодалов. Лишь в последней четверти XVII в. окрепшее Русское государство смогло перейти в наступление против ханства, осуществив несколько походов в Крым.
