15 апреля все было кончено. Десятки тысяч голов были представлены чиновникам сёгуната в качестве доказательства победы. Не уцелел никто, кроме бывшего иконописца, друга Амакуса Сиро по имени Ямала Эмонсаку, вовремя перебежавшего в лагерь врага. Сам Сиро погиб, причем существуют десятки версий того, как это произошло. Его голова была опознана и выставлена в Нагасаки.
Фактически восстание в Симабара не привело к улучшению положения крестьян (хотя самые жестокие методы выколачивания налогов и были упразднены), но главное – это было последнее крупное выступление против режима Токугава до самого XIX века. Основная масса отчаянных крестьян-христиан погибла, уцелевшие затаились, часто формально отрекаясь от веры. Вскоре число арестов христиан резко снизилось, что в условиях расцвета всеобщего доносительства могло означать только резкое снижение числа христиан. На Кюсю массово строились синтоистские и буддистские храмы, велась слежка за подозрительными. В конце 1650-х годов близ Нагасаки были осуществлены последние массовые аресты тайных христиан – власти арестовали около 600 крестьян, из которых около 500 были казнены или умерли в тюрьме, а 99 отреклись и были отпущены на свободу. Впрочем, отдельные семьи тайных христиан существовали на Кюсю и гораздо позже – вплоть до отмены антихристианских законов в эпоху Мэйдзи. Так, уже в 1865 году в районе Нагасаки местные власти выявили около 100 тайных христиан, большинство из которых отреклись после пыток от своей веры. Фактически до нового «открытия» Японии в XIX веке христианскую веру пронесли из поколения в поколение члены тайных общин.
После Симабарского восстания сёгунат ужесточил и политику сакоку – закрытости страны, казнив в 1640 году экипаж португальского корабля из Макао, прибывшего в Японию для возобновления торговых контактов. Отныне торговать со страной Ямато позволялось только голландцам, и то в очень ограниченных масштабах и только через порт Нагасаки. Португальским властям в Макао было послано грозное предупреждение: «Даже если сам король Фелипе, или даже сам христианский Бог, или великий Будда нарушит запрет, они заплатят за это своей головой!»
Самим же японцам еще в 1633 году было запрещено покидать пределы страны. Запрещалось возвращаться на родину всем проживавшим к тому времени за границей. После начала антихристианских гонений тысячи японских христиан устремились за пределы страны. Волна эмиграции была направлена на юго-восточную Азию: на Филиппины, Яву, Тайвань. К 1635 году в этом регионе проживало уже от 80 до 100 тысяч японских католиков. Несмотря на жесточайшие запреты, христианское влияние проникало в Японию и в период самоизоляции. Христианская литература попадала в Японию в основном из Китая, где ее переводили на китайский язык, а затем нелегально доставляли на Японские острова через мелких китайских торговцев. Переводами занимались знаменитые католические миссионеры-иезуиты: Маттео Риччи в Пекине и Жюль Алени в Фудзяне. Литературы было так много, что в 1630 году в Нагасаки было учреждено специальное ведомство, следившее за ее изъятием и уничтожением.
