Как бы то ни было, Хидэёси в начале января 1597 года в бешенстве приказал запретить исповедание христианства в стране, а также под страхом смерти изгнать миссионеров и прекратить всяческую деятельность иностранных миссий в Японии.
Церкви подлежали уничтожению повсеместно, даймё под страхом казни запрещалось укрывать священников – на сей раз, в отличие от событий десятилетней давности, поблажек не планировалось. В том, что правитель намерен образцово покарать непокорных его воле, вскоре убедились как проповедники, так и жители городов и сел Японии, в том числе главного оплота католицизма – Нагасаки. Даймё-буддисты, дождавшиеся реванша, с радостью разрушали христианские храмы, в том числе в Киото (хотя падре Органтино – единственному – позволили легально остаться в стране), некоторые даймё-христиане начали отрекаться от своей веры или заколебались, их подданным запретили креститься. Репрессивная машина заработала на полную мощность. Было казнено около 80 миссионеров (около половины всех, находившихсях в стране в то время) и немалое число новообращенных японцев. Венцом отвратительной серии доносов, сведения счетов и запугиваний стала печально известная жестокая казнь шести испанских францисканцев, трех португальских иезуитов и 17 японских католиков, схваченных в Киото. Их зверски изуродовали и провезли для устрашения далеко на юг, через города Осака, Хёго, Окаяма и Симоносэки, подвергая пыткам и издевательствам, до Нагасаки, где они были распяты на крестах 5 февраля 1597 года на одной из площадей города. Нагасаки был избран местом показательной расправы именно потому, что воспринимался многими как настоящее «гнездо христианства». Впервые крест – давно известный в Японии символ – стал орудием казни, которым он был на Западе. По легендам, ходившим в среде новообращенных японцев, казненных запрещалось хоронить в течение 80 дней, но все это время тела не разлагались и «походили на спящих ангелов». Впоследствии площадь в Нагасаки, где были казнены 26 христиан, обросла легендами о чудесах, стала местом тайного паломничества японских христиан. Здесь в промежутке между гонениями в начале XVII века даже был сооружен памятный крест, обсаженный деревьями. Сегодня на этом месте находится один из парков многострадального города, ставшего мишенью атомного оружия.
Впрочем, репрессии и на этот раз длились недолго – 18 сентября 1598 года старый, сломленный неудачами своей авантюрной Корейской кампании и, как поговаривали, совсем утративший адекватное восприятие реальности Хидэёси умер, передав власть пятилетнему сыну Хидэёри и регентскому совету из пяти великих даймё – Укита Хидэиэ, Маэда Тосииэ, Мори Тэрумото, Уэсуги Кагэкацу и Токугава Иэясу. Не меньшую роль в это время играли два выдвиженца Хидэёси – Кониси Юкинага и Исида Мицунари, главный враг будущего сёгуна Иэясу. Что интересно – трое из регентов принадлежали к принявшим христианство фамилиям (Укита, Маэда и Мори), хотя и были не из числа самых стойких приверженцев новой веры. Зато таковым точно можно считать Кониси Юкинага, ветерана Корейской кампании, которому прочили великое будущее, в отличие от интригана и не блиставшего на поле боя мастера чайной церемонии Исида Мицунари. По иронии судьбы, Мицукари стал главным военачальником так называемой Западной армии, выступившей под знаменами защиты прав малолетнего Хидэёри против посягательств со стороны самого могущественного из даймё – Токугава Иэясу, собравшего под знамена своей, Восточной, армии также многих известных князей, в том числе и некоторых христиан из родов Курода и Хосокава (именно в ходе этого конфликта погибла упомянутая выше Грация Хосокава). В последовавшей за этим междоусобной войне, завершившейся грандиозной битвой при Сэкигахара 21 октября 1600 года, христианские лозунги не играли заметной роли, хотя обращает на себя внимание значительный перевес в количестве даймё-христиан в стане Западной армии, потерпевшей поражение в результате отсутствия единства в ее рядах и открытого предательства. Между прочим, впервые (но не в последний раз) в истории Японии христианство стало ассоциироваться с делом проигравшей стороны, что обеспечивало ему не только негативное отношение со стороны победителей, но вместе с этим и определенное
