Несмотря на эти, казалось бы, положительные изменения, многое встречало недовольство и сопротивление, причем как дворянства, так и простого народа.
Перестройка государственного порядка на правовых уравнительных началах требовала подъема образовательного уровня народа, а между тем осторожное, частичное ведение этой перестройки вызывало двойное недовольство в обществе: одни были недовольны тем, что разрушается старый быт; другие – что слишком медленно вводится новое. Поэтому Александру и его единомышленникам и соратникам казалось, что необходимо руководить общественным мнением, сдерживать его попытки уйти в сторону, направлять, воспитывать умы.
Екатерина II оставила незавершенной систему центрального управления. Организовав сложный и стройный порядок местной администрации и суда, она не создала правильных центральных учреждений с точно распределенными ведомствами. Внук продолжил работу бабки, но возведенная им вершина правительственного здания не соответствовала своему фундаменту ни по духу, ни по форме.
Собиравшийся по личному указанию императрицы Екатерины Государственный совет 30 марта 1801 года был заменен постоянным учреждением, которое получило название Непременного совета, для рассмотрения и обсуждения государственных дел и постановлений. Непременный совет был организован на скорую руку, состоял из 12 высших сановников без разделения на департаменты.
Затем была изменена система петровских коллегий, уже при Екатерине утративших свой первоначальный характер. Манифестом 8 сентября 1802 года они были преобразованы в восемь министерств: министерство иностранных дел, военно-сухопутных сил, морских сил, внутренних дел, финансов, юстиции, коммерции и народного просвещения с Комитетом для обсуждения дел, требующих общих соображений. Прежние коллегии были подчинены министерствам или вошли в новые министерства в роли департаментов. Главным отличием новых органов центрального управления была их единоличная власть: каждое ведомство управлялось министром вместо прежнего коллегиального присутствия, каждый министр был подотчетен Сенату.
Был затронут щекотливый вопрос о крепостном праве. Изначально правительство давало понять, что собирается упразднять это право. Так, в правительственных периодических изданиях запретили печатать объявления о продаже крестьян без земли. Однако серьезные меры для улучшения положения крепостных крестьян были предприняты в эти годы только в Прибалтийском крае. «Положениями», изданными для крестьян Лифляндской и Эстляндской губерний в 1804 и 1805 годах продажа крестьян без земли была запрещена. Крестьянам предоставлялись гражданские права, они становились наследственными владельцами своих участков, вводились крестьянское самоуправление и крестьянские суды, размеры повинностей и платежей в пользу господ должны были определяться особыми комиссиями.
