23 марта 1938 г. Глушко был арестован. Как уже говорилось, созданный Тухачевским РНИИ подвергся в 1937–1938 гг. кардинальной чистке. Кроме того, на Глушко поступил донос, в котором содержалось обвинение в растрате государственных средств. Во время следствия в одной камере с Валентином Глушко находился Борис Стечкин, который посоветовал Глушко подать прошение об использовании его как специалиста по созданию необходимых стране вооружений.
Так Глушко направили на Тушинский авиамоторный завод № 82, где формировалась двигателестроительная шарашка ОТБ-82 под руководством Главного конструктора Алексея Чаромского.
В соответствии с договоренностью с Чаромским он занялся разработкой проекта вспомогательной установки ЖРД на самолетах С-100 и Сталь-7.
Постепенно под руководством Валентина Глушко в недрах Тушинского ОКБ-82 дизельных двигателей формировалось КБ по созданию реактивных двигателей.
В свободное от работы время Валентин Глушко устраивал для заключенных шарашки своеобразные лекции-диспуты, на которых, в ожесточенных дебатах, формировал свои идеи создания реактивных двигателей.
Как уже упоминалось, когда фашисты начали приближаться к Москве в 1941 г., Тушинский моторостроительный завод № 82 был эвакуирован в Казань, а вместе с ним была эвакуирована и тюрьма-шарашка ОТБ-82 НКВД.
Именно в Казани, на моторном заводе № 16, взошла яркая звезда Валентина Глушко. Он смог организовать специальное ОКБ-СД по созданию реактивных двигателей и получить освобождение для себя и своих помощников.
Начатые Валентином Глушко в Тушинской шараге ОТБ-82 разработки конструкций реактивных двигателей получили на Казанском заводе № 16 реальное воплощение в металле. Коллектив шарашки, которым руководил В. П. Глушко, работал над созданием четырехкамерного реактивного двигателя на жидком топливе тягой 1200 кг.
Однако на первом этапе наиболее реальной оказалась установка однокамерного варианта РД-1 тягой 300 кг в качестве вспомогательного двигателя на самолет Петлякова Пе-2.
Уже 12 марта 1942 года приказом по Наркомату авиационной промышленности Казанскими авиазаводами № 16 и № 22 предписывалось использовать на серийном производстве военных самолетов реактивные двигатели Глушко. Замеры показали, что включение установки РД-1 сокращает длину разбега самолета более чем на 70 метров.
Были достигнуты существенные успехи при испытании бомбардировщика Пе-2РД, который помимо двух поршневых двигателей ВК-105РАв 1100 л. с. был оснащен жидкостно-реактивным двигателем РД-1 с тягой в 300 кг.
