По примеру некоторых монахов пустыни Прохор, испросив благословения у своего наставника, в свободные часы уходит в лес для уединения, Иисусовой молитвы и духовных размышлений. Его подвижничество обратило на себя внимание братии и снискало отеческую любовь старцев. Так, во время тяжелой болезни Прохора они неотлучно находились при нем, заботясь о его выздоровлении.
Почти три года безропотно выносил он сильные страдания, отклонив врачебную помощь. Когда состояние Прохора значительно ухудшилось, о его здравии были отслужены всенощное бдение и божественная литургия. Именно в это время его посетило чудесное видение Пресвятой Богородицы в сопровождении апостолов Петра и Иоанна Богослова. Возложив на голову больного руку, Она даровала ему выздоровление, сказав: «Сей — от рода Нашего».
На месте явления Пречистой Девы Марии был сооружен больничный храм. Сбор пожертвований на его строительство как новое послушание взял на себя Прохор. Он же изготовил престол из кипарисового дерева для одного из приделов — преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, чудотворцев, в котором в память о великой милости Божией к нему положил за правило причащаться святых Христовых тайн до конца дней своих.
18 августа 1786 года Прохор был пострижен настоятелем обители иеромонахом Пахомием в монашество с именем Серафим, а спустя год посвящен в иеродиакона епископом Владимирским и Муромским Виктором. В продолжение шести лет он ежедневно совершал богослужения, проводя в храме все время, свободное от монастырских послушаний.
Небесные видения часто посещали его. Неоднократно созерцал преподобный святых ангелов, Иисуса Христа в окружении небесных бесплотных сил. Видения эти усилили ревность подвижника к отшельничеству: днем он трудился в обители, а вечером удалялся в лес, где в пустынной келье ночью предавался молитве и богомыслию.
2 сентября 1793 года по ходатайству старцев преподобный Серафим был рукоположен в иеромонахи. Тот, кто благоговейно приобщается святых Христовых тайн (а приступать к причащению, по словам преподобного Серафима, чем чаще, тем лучше), тот «будет спасен, благополучен и на самой земле долговечен». Наставляя других, старец сам неизменно следовал этому правилу всю жизнь.
20 ноября 1794 года, в годовщину своего прибытия в Саровскую обитель, преподобный испрашивает благословения на новый подвиг — пустынножительство и поселяется в глухом лесу в нескольких километрах от монастыря. По благочестивому обычаю он дает разным местам вокруг своей деревянной избушки названия в память о событиях земной жизни Спасителя: Вифлеемская пещера, град Иерусалим, река Иордан, поток Кедрон, Голгофа…
