В Петербурге, по словам историка, были подняты различные обвинения против него, отчасти справедливые, отчасти измышленные злобою. Рассказывали, что он сносился с прусским двором и просил десять миллионов взаймы, обещая отдать вдвое. Уверяли, что, пользуясь своим могуществом, он с честолюбивыми целями захвата верховной власти хотел удалить гвардейских офицеров и заменить их своими любимцами. Толковали, что он от имени покойной императрицы составил фальшивое завещание. Ставили ему в вину, что он ограбил своего малолетнего государя и, заведуя Монетным двором, приказывал выпускать плохого достоинства деньги, обращая в свою пользу не включённую в них долю чистого металла. Припомнили и прежние его грехи, как, пользуясь доверием Петра Великого, он обкрадывал казну и этим нажил несметное богатство. Говорили, что вещи, которые он взял с собой, стоили, по мнению одних, пять миллионов, по мнению других — двадцать. Обвиняли Меншикова в недавних тайных сношениях со Швецией в ущерб интересам России; ещё при жизни императрицы Екатерины I он будто бы писал к шведскому сенатору Дикеру, что у него в руках военная сила и он не допустит ничего вредного для Швеции.
Все эти рассказы, отчасти правдивые, отчасти вымышленные, всё более и более вооружали против Меншикова императора-отрока, а также и Верховный тайный совет, так что последний послал в Раненбург к опальному вельможе сто двадцать вопросных пунктов, обвинявших его.
Меншиков, сколько мог, оправдывался против предъявленных обвинений. Но окончательно повредило ему подмётное письмо, которое нашли в Москве у Спасских ворот в марте 1728 года; оно содержало в себе защиту и оправдание Меншикова, а вследствие этого было признано, что оно составлено именно им самим, «прибегавшим таким образом к средствам непозволительным для своего спасения».
Тогда Верховный тайный совет постановил конфисковать всё достояние опального вельможи, тем более что тогда из разных канцелярий начали поступать требования о возвращении денег и материалов, незаконно захваченных Меншиковым.
За всё это Меншикова и всё его семейство постановили отправить в Сибирь, в отдалённый пустынный Берёзов.
Всё отобрали у некогда полудержавного властелина, и было приказано выдавать ему с семьёй и со слугами по шести рублей в день «кормовых денег».
Свояченицу Меншикова, Варвару Арсеньеву, было приказано постричь в женском Сорском монастыре.
По словам историков, у Меншикова было отобрано «десять тысяч душ крестьян и города: Ораниенбаум, Ямбург, Копорье, Раненбург, два города в Малороссии — Почеп и Батурин — и капитала тринадцать миллионов рублей, из которых девять миллионов находились на хранении в иностранных банках, да сверх того на миллион всякой движимости и бриллиантов, одной золотой и серебряной посуды у Меншикова конфисковано более двухсот пудов».
