«Юнкерсы» много трудились на Восточном фронте. В первые месяцы войны они обеспечивали высокие темпы продвижения мотомеханизированных соединений, доставляя им горючее и боеприпасы, перевозили грузы и раненых. С февраля 1942 г. по май 1943 г. только по воздуху снабжалась окруженная группировка немецких войск в районе Демянска. Большое количество Ju 52/3m (в том числе и самолеты, реквизированные из гражданской авиации) привлекли к перевозкам грузов для окруженной в Сталинграде 6-й армии Паулюса. «Воздушный мост» в Сталинград функционировал с ноября 1942 г. по январь 1943 г. Он стоил немцам огромных потерь.
Позднее «юнкерсам» пришлось выручать немецкие войска, попавшие в окружение почти на всех фронтах. Из наиболее крупных операций такого рода следует назвать действия по эвакуации солдат 17-й армии с Кубани весной 1943 г., вывозку войск из блокированного Крыма (начало 1944 г.), снабжение окруженных под Каменец-Подольским частей 1-й танковой армии в марте — апреле 1944 г. Как бомбардировщики Ju 52/3m последний раз использовали в апреле 1943 г. Они участвовали в подавлении восстания в Варшаве. Бомбы грузили в кабину и выбрасывали из нее вручную.
Последние попытки организации «воздушных мостов» к окруженным имели место в Будапеште в январе 1945 г. и под Бреслау в феврале — апреле того же года.
Австрийские Ju 52/3m служили как штабные и учебные до включения в состав германских ВВС в 1938 г. Румынские и венгерские машины применялись в основном на советско-германском фронте, в частности, на Дону и под Сталинградом. Последний уцелевший венгерский самолет принял участие в доставке грузов в окруженный Будапешт. В Италии летом 1940 г. ВВС реквизировали один пассажирский «Юнкерс». В сентябре 1943 г. его захватили немцы. Болгарские самолеты в октябре 1944 г. осуществляли сброс грузов своим войскам, окруженным немцами в районе Ратунда- Дреняк.
Китайские ВВС в сентябре 1941 г. приняли уцелевшие самолеты авиакомпании «Евразия» и использовали их для правительственных перевозок. В Португалии «юнкерсы» служили как бомбардировщики до января 1944 г., потом машины законсервировали. Позднее португальские ВВС приобрели трофейные немецкие самолеты и машины французского производства. В Швейцарии Ju 52/3 эксплуатировались как учебные и транспортные.
ВВС армии США в начале 1942 г. получили один реквизированный гражданский самолет и использовали его в Зоне Панамского канала до конца 1943 г.
В Советском Союзе «юнкерсы» появились в подразделениях ГВФ после присоединения республик Прибалтики. Позднее к их парку добавились трофейные машины. Они служили до середины 1949 г.
