О'Дуайер прикрыл дело Питера Понто, докера, решившегося бросить вызов всемогущим братьям Анастазиа, терроризировавшим докеров нью-йоркского порта. Питер Понто бесследно исчез. Расследование вел прокурор Нью-Йорка О'Дуайер. В его руках были все факты, свидетельствовавшие о причастности «Коза ностры» к исчезновению Понто, но О'Дуайер замял дело. Уже после войны ему пришлось и по этому вопросу давать показания комитету сената США.
Еще большую услугу мафии оказал О'Дуайер в связи с делом Эйба Рилза. Рилз был одним из главных подручных Альберта Анастазиа, крупнейшим функционером «Корпорации убийц». Полиция долго шла по кровавому следу этого профессионального убийцы, однако корпорация Анастазиа так умело прятала концы в воду, что нельзя было найти оснований для его ареста. В конце концов Эйб Рилз был схвачен с поличным, и ему было предъявлено обвинение в убийстве.
В марте 1941 г. Эйб Рилз начал давать показания. Как уже говорилось выше, он обладал феноменальной памятью и в своих показаниях О'Дуайеру нарисовал полную картину преступной деятельности «Корпорации убийц», «Коза ностры» и ее главарей — Костелло, Лучано, Дженовезе, Адониса и других. Рилз подробно рассказал о десятках преступлений, совершенных в Нью-Йорке, назвал имена исполнителей, место, время, причины преступлений.
Полученная информация давала все основания ликвидировать «Корпорацию убийц» и посадить на скамью подсудимых главарей «Коза ностры». Но этого не произошло. Случилось нечто другое — исчезли 25 томов показаний Рилза. А сам Рилз по распоряжению О'Дуайера, якобы для того, чтобы скрыть его от мести мафии, был тайно помещен под охраной полицейских в номер на шестом этаже одного из отелей в Кони-Айленде. Прошло немного времени и Рилза выбросили из окна отеля. Полицейские заявили, что Рилз покончил жизнь самоубийством.
По этому поводу О'Дуайеру пришлось после войны давать показания правоохранительным органам.
Благодаря помощи О'Дуайера «Корпорация убийц», находившаяся на краю пропасти, уцелела, а ее главарь Альберт Анастазиа, опасаясь ареста, после вступления США во вторую мировую войну ушел добровольцем в морскую пехоту. «Корпорация убийц» была спасена от разгрома.
Война предоставила для мафии невиданные никогда ранее возможности. ФБР и различные полицейские формирования основное внимание стали уделять контрразведывательным функциям и борьбе с саботажем. Местные полицейские силы были во многом заняты проблемами призыва на военную службу.
