Еще больше предстоящий переход через океан осложнила месячная задержка в Веракрусе: были пропущены все сроки относительно безопасного плавания в Западной Атлантике, где с приходом осени часты свирепые штормы и ураганы. Тем не менее в начале сентября эскадра из 26 галионов под командованием адмирала Хуана де Вилья Винсенсио, державшего свой вымпел на «Консепсьон», вышла в Мексиканский залив. Первая часть плавания прошла без особых происшествий, если не считать порванных парусов. После непродолжительной стоянки в Гаване для ремонта такелажа эскадра покинула Кубу и вскоре у побережья Флориды попала в жестокий шторм, выбросивший несколько галионов на отмели и рассеявший остальные.
«Консепсьон», изрядно потрепанный гигантскими волнами, лишился почти всех мачт. О том, чтобы следовать через Атлантику, не могло быть и речи. Поэтому адмирал Хуан де Вилья Винсенсио принял решение идти в Пуэрто-Рико. Однако к исходу третьей недели плавания испанские моряки потеряли представление о том, где находится корабль. Одни полагали, что на траверзе восточной оконечности Кубы, другие утверждали, что галион недалеко от Пуэрто-Рико. Вопреки предложению адмирала двигаться дальше на восток лоцманы настояли на том, чтобы повернуть на юг. Это привело к трагическим последствиям. «Консепсьон» очутился в изобиловавших рифами и банками прибрежных водах Эспаньолы. Увы, дон Хуан был бессилен что-либо изменить. В те времена на испанском флоте навигаторы, относившиеся к торговому ведомству, не подчинялись флагману.
Через неделю галион наскочил на риф. Корма застряла между двумя огромными коралловыми массивами, а нос погрузился под воду. И все же адмирал попробовал спасти «Консепсьон». Он приказал сбросить в море закрепленные на верхней палубе сундуки с серебром. Когда нос корабля обрел плавучесть, на воду спустили единственную большую шлюпку, чтобы попытаться снять галион с рифа. Возможно, с помощью буксира он вырвался бы из коралловой западни, если бы не налетевший в ночь на 1 декабря тропический ураган. Галион затонул, а из 514 членов экипажа и пассажиров спаслись лишь 190. Остальные захлебнулись в бушующем прибое или были разбиты волнами о коралловые рифы.
Гибель флагманского корабля «серебряного флота» явилась для испанской казны, пожалуй, самой крупной потерей на море в XVII веке. Оставшийся в живых адмирал Хуан де Вилья Винсенсио предстал перед судом, на котором в качестве свидетелей выступили уцелевшие члены экипажа. Их показания, занявшие две тысячи листов, спасли адмирала от сурового наказания, а может быть, даже от смертной казни. Все свидетели были настолько единодушны в своих оценках действий дона Хуана, что суд вынес ему оправдательный приговор.
