Гибель корабля повергла в траур весь Стокгольм. В церквах служили заупокойные мессы по погибшим. Среди немногих спасшихся оказался капитан Ханссон. Взбешенный катастрофой своего флагмана Густав II Адольф приказал его тотчас взять под стражу и предать суду. Арестованы были также мастера, руководившие строительством «Вазы», и адмирал, в ведении которого находились военные верфи.
Уже следующий день рейхсканцлер проводил во дворце предварительный допрос, а 5 сентября специально созданная следственная комиссия приступила к слушанию дела. Комиссия состояла из 17 человек под председательством рейхсадмирала. Судьям действительно было нелегко найти виновного. В первую очередь они пытались обвинить капитана «Вазы» и старшего боцмана.
Показания кораблестроителя Хибертсона получить не удалось, так как в 1627 году его уже не было в живых. Вместо него ответчиком на суде выступил его брат Арент. Корабел Хайн Якобсен на вопрос, почему он построил фрегат таким узким и без брюха, на которое судно могло бы ложиться, в результат чего оно опрокинулось, ответил, что размеры корабля утвердил Его Высочество и что «Ваза» строился в точном соответствии с указаниями короля. В ходе процесса выяснилось также, что адмирал Клас Флеминг, подчинявшийся непосредственно рейхсадмиралу, пытался проверить остойчивость судна: тридцать человек сомкнутыми рядами должны были несколько раз пробежать от левого борта к правому и наоборот. На третий раз, когда корабль накренился настолько сильно, что почти перевернулся, адмирал приказал прекратить проверку…
Архивы свидетельствуют, что королевский суд не вынес обвинительного приговора, дело было прекращено так же внезапно, как внезапно затонул корабль. Ведь король сам установил конструктивные размеры корабля, а по его приказу подготовка к спуску велась в лихорадочной спешке.
Почему же затонул «Ваза»? Резко критиковались слишком большие размеры корабля, тем более что его постройка, как тогда практиковалось, велась без чертежей. Корабли строились по черновым проектам, содержавшим только приблизительные размеры, а также соотношение основных частей. В основном пользовались опытом своих предшественников или изобретали сами. Это считалось «семейным секретом».
Оставалась также проблема выбора высоты нижних орудийных люков. Если их размещать слишком низко, то возникает опасность попадания воды. Устройство их на большой высоте нарушало остойчивость судна, в результате чего вес двойного ряда пушек грозил переместить центр тяжести корабля.
