Вскоре обстановка еще более ухудшилась, и каждое судно стало изолированным, сражающимся мирком. Для людей единственной реальностью стали свистящий ветер и вздымающиеся волны, — это и еще безнадежная борьба с морской болезнью и страхом смерти. Когда ветер сорвал паруса, сломал мачты и разбил рули, суда превратились в неуправляемые куски дерева. Последующие события были описаны в английском отчете того времени: «Как волны накатываются одна за другой, так одна беда следовала за другой: сначала ветер повернул на зюйд… затем они начали опасаться, что их занесет в какое-нибудь устье реки или бухту флоридского побережья… а потом не осталось никакого выбора — только разбиться на отмелях или погибнуть на берегу».
Сильным потоком ветра было захвачено восемь несчастных судов, включая «Росарио», «Аточу» и «Санта-Маргариту». Их быстро понесло на север, в сторону рифов. Гутиерре де Эспиноса, капитан «Санта-Маргариты», находился в своей каюте и готовился к крушению. Только что он приказал своему адъютанту спрятать часть груза — несколько золотых и серебряных слитков, столовое серебро и котелок с шоколадом — в его личный сундук. Затем Эспиноса крепко обвязал этот сундук веревкой, так, чтобы он мог держаться на плаву. Остальных людей на борту в этот момент мало заботили материальные ценности: встав на колени вокруг священников, они молились.
После наступления темноты «Санта-Маргарита» потеряла свой фок (главный парус на фок-мачте). Огромные волны, перекатывавшиеся через ее корпус, снесли грот-мачту и штурвал. Судно сносило к северу.
На рассвете 6 сентября, во вторник, лоцман сделал в судовом журнале запись об уменьшении глубины; несчастье было близко. Несколько отважных матросов пытались поставить еще один фок и, лавируя, уйти от опасности, но его снова унесло.
Когда судно проносило между флоридскими рифами, попытались отдать якоря, но они не забирали грунт. Внезапно галион налетел на мель и засел на ней.
Когда совсем рассвело, командир находящейся на корабле пехоты, капитан Бернадино де Луго подошел к фальшборту «Санта-Маргариты». Затем, как сообщает командующий флотом в соответствии с рапортом де Луго, «в семь часов утра капитан увидел в одной лиге к востоку от своего галиона другой галион под названием „Нуэстра Сеньора де Аточа“, на котором осталась только бизань-мачта. Пока он следил за ним, галион затонул». Затем его собственный корабль начал погружаться. Спрыгнув за борт, де Луго ухватился за деревянный брус и поплыл. Еще шестьдесят семь человек нашли спасение на обломках «Санта-Маргариты». Как записано в английском отчете, «…многие пассажиры после исчезновения корабля не могли спастись, море не дало им такой возможности». Сто двадцать семь человек утонули. Днем ветер утих, и высоко стоящее солнце осветило печальную картину: волнующееся море, мешанину из разбитых ящиков и сундуков. По счастливой случайности в тот полдень рядом проходило судно с Ямайки. Уцелевшие люди были подняты на борт, где встретили пятерых спасшихся с «Аточи» — двоих юнг — Хуана Муньоса и Франсиско Нуньеса, матроса Андреев Лоренсо и двух рабов. Они рассказали, как «Аточа» налетела на риф и быстро затонула. Остальные двести шестьдесят человек, находившиеся на ней, погибли.
