Вместе с тем все более строго определялись и границы ортодоксии. Свобода изысканий была ограничена; любой отход от государственной церковной системы влек за собой не только духовное, как раньше, но и гражданское наказание. Уже в IV веке главенствующая партия, ортодоксальная или гетеродоксальная, с помощью императорской власти отлучала своих оппонентов от церкви, конфисковала их имущество, изгоняла их. Оставался лишь один шаг до пыток и казней в отношении к религиозным несогласным любого рода как к врагам существующего порядка вещей. Такие жестокости государственная церковь начала практиковать в средние века, и они продолжались вплоть до середины XVII века (а во многих странах продолжаются и по сей день) как среди протестантов, так и среди католиков. В самом деле, абсолютная свобода веры и поклонения невозможна в системе церкви–государства. Для того чтобы она существовала, необходимо разделять духовную и земную власть. И с самого начала церковно–политических гонений многие люди громко выступали против них в пользу религиозной терпимости, — хотя, как правило, возражения эти исходили от угнетаемой группировки, которая, обретя власть, обычно проявляла плачевную непоследовательность и начинала подражать насилию своих бывших угнетателей. Подобная перемена была, скорее, обусловлена личной обидой, а не осознанием ужасной сущности гонений и не восприятием ясной природы Евангелия с его важными постулатами «вложи меч в ножны» {Ин. 18:11}[1] и «Царство Мое не от мира сего» {Ин. 18:36}.
Организация церкви приспосабливается к политическим и географическим делениям империи. Власть иерархии усиливается, епископы становятся важными государственными деятелями и приобретают право воздействовать на гражданские и политические дела, что в большей или меньшей степени ограничивает их духовное достоинство и независимость, особенно при византийском дворе. Система епископата переходит в систему метрополий и патриархий. В V веке патриархи Рима, Константинополя, Антиохии, Александрии и Иерусалима стоят во главе христианского мира. Среди них Рим и Константинополь являются самыми могущественными соперниками, и Римский патриарх уже претендует на всецерковную духовную власть. Эта идея достигла кульминации в средневековом папстве, хотя сфера влияния Римского епископа ограничивалась Западом и вызывала постоянные протесты со стороны Греческой церкви и всех некатолических церковных ответвлений. Помимо поместных синодов, к этой эпохе относятся также всеобщие синоды, или вселенские соборы, созывавшиеся императорами и так или иначе испытывавшие на себе, хотя и не напрямую, политическое давление.
