В 1464 году уходит сам со своего поста в монастырь (в Чудов, в Кремле) последний митрополит Киевский, после него русские митрополиты начинают именоваться Московскими. При этом обращает на себя внимание такой факт, что за время царствования Иоанна III на Московской митрополичьей кафедре их сменяется целых пять: Феодосии, Филипп I, Геронтий, Зосима, Симон[92], в то время как прежде чуть ли не правилом было, что на каждое царствование приходился один митрополит, который нередко даже переживал великого князя. Но это могло бы быть сочтено чистым совпадением, если бы мы не знали, что за 30-35 последних лет правления Иоанна III (1472 — 1505 гг.), самого уравновешенного, самого мудрого, самого рассудительного и спокойного русского государя из московских Рюриковичей, на правление которого приходятся самые мирные и обеспеченные, самые сытые и заполненные созиданием годы полной занятости населения за всё время существования Московского государства, происходят в то же время самые крупные ссоры и столкновения монарха с церковью.
С тремя последними митрополитами у Иоанна III дело доходило до открытых публичных столкновений, причём предлогами были даже чисто церковные дела, в которые великий князь, фактически первый царь, позволял себе не только вмешиваться, но и по которым он считал возможным выносить собственные решения. В 1479 году возник спор по поводу неправильного освящения новопостроенного Успенского собора в Кремле, в 1490 году — о потворстве митрополита Зосимы еретикам. В середине 90-х годов великий князь участвовал в обнаружении фактов вопиющей коррупции в церкви в связи с назначением в священники и епископы за взятки, во второй половине 90-х годов XV века и в начале XVI века (1504 г.) в России были осуществлены редкие для нашей страны аутодафе (публичные сожжения заживо) больших групп еретиков, бывших церковных и монастырских деятелей во главе с архимандритом Кассианом и крупным русским дипломатом Иваном Васильевичем Курицыным, ведшим в 1495 году переговоры с императором Максимилианом I и в 1482 году с венгерским королем Матьяшем Корвиным. Наконец, отбросив всякие религиозные предлоги, Иоанн III предложил новому митрополиту Симону обсудить вопрос среди епископата русской церкви, может ли церковь владеть имуществом и не приличнее ли для неё передать его в руки светской власти[93].
Все эти события приходятся на два последних десятилетия XV века и весьма прозрачно связаны с обострением имущественных отношений между обогатившейся после введения трёхполья церковью (с 30-х гг. XV в. по 90-е гг., т.е. за 50 — 60 лет) и организующимся централизованным сильным государством в период введения этим государством монополии на алкогольные напитки. Как раз именно на 70-е годы (т.е. на период 1472 — 1478 гг.) падает и сообщение Иосафата Барбаро, венецианского путешественника, учёного, политического деятеля и купца, о том, что Иоанн III ввёл монополию на все алкогольные напитки, производимые в России, в том числе даже на питный мёд и пиво.
