В декабре 1924 года, когда южные области Туркестанской республики отошли к Казахстану и выделилась Киргизская автономная область, Ходжаев переехал в Оренбург, заняв пост секретаря Казахского краевого комитета ВКП(б). На допросе он пояснял: «В крайкоме партии, в Казахском ЦИКе и Совнаркоме было мною посажено на работу значительное число членов организации, они, в свою очередь, проводили работу по расстановке националистических кадров на периферии». Связь со своими единомышленниками он не терял и в 1925–1928 годах, когда учился в Москве «на курсах марксизма при ЦК ВКП(б)». Учеба принесла ему не только новые идеи, но и повысила его авторитет как национального лидера. И в конце 1929 года был создан объединенный центр антисоветской пантюркистской организации, в который вошли: Ходжиев, Ходжанов, Рыскунов, Нурмаков, Файзулла Ходжаев, Абдрахманов, Халилов, Кормасов и Габидулин.
Алаш-ордынская организация имела связь с националистической эмиграцией в Западном Китае и с националистами Узбекистана, Таджикистана, Туркменистана, Киргизии, Татарии, Башкирии, Крыма и Кавказа, которые через иранские, афганские, турецкие и польские границы тесным образом были связаны с японской агентурой, английскими и немецкими кругами. В 1927 году члены организации Савдакасов, Султанбеков и Мустамбеков установили контакты и с Троцким, а при посредстве Тойво и Рознера — с Зиновьевым. Связь с центром правых (Рыковым, Бухариным, Томским) осуществлялась через Рыскулова и Нурмакова.
Ходжаев показал, что в начале 1930 года националисты развернули повстанческую деятельность почти во всех областях Казахстана. Восстания были подняты в Средней Азии, в Каракалпакии и Киргизии. Каждый из членов организации «имел большие связи в районах, аулах, кишлаках», среди которых «была значительная часть родовых авторитетов»; и восстания организовывались «через этих людей и мусульманское духовенство». «Мы полагали, — говорил Ходжаев, — что восстания будут поддержаны антисоветскими элементами внутри страны, а троцкисты и правые используют повстанчество для свержения советской власти». Однако, признавал он, «масса не шла за повстанцами, а байско-бандитские группы были разгромлены. Видя бесцельность дальнейшей вооруженной борьбы внутренними силами, мы решили, что повстанчество может иметь успех только в том случае, когда оно будет сочетаться с помощью извне.
Такую помощь мы должны были получить от агрессивных стран, готовящих войну против Советского Союза. В 1933 году в связи с усилением агрессивных намерений Японии и приходом к власти фашистов в Германии мы держали ставку на интервенцию со стороны этих держав… С этой целью мы… на местах проводили вербовку лиц», способных «стать во главе повстанческого движения в момент интервенции. Руководители повстанческих групп в районах имели… контингенты из враждебно настроенных слоев населения, баев и мулл. Последние должны были явиться ядром повстанческих групп.
