Вернувшись в пустыньку, преподобный Дионисий освятил храм во имя святителя Николая Чудотворца. Душевно рад был Пахомий, что друг и сподвижник его удостоен священного сана и что отныне они в своей уединенной пустыньке не будут лишены церковной службы; с великим благоговением и страхом он стал служить прп. Дионисию при совершении им Божественной литургии и других священнослужений. Сам преподобный Дионисий, принявши на себя священный сан, предался еще большим подвигам: «хлеба причащайся единою днем и воду по оскуду пия», дни и ночи проводил в горячей молитве и богомыслии. Известность о святом отшельнике распространилась по окрестным селениям. К Святой Луке стал стекаться народ для духовных бесед и наставлений. Пахомий радовался прославлению святого места, но не так смотрел на это прп. Дионисий. Он для того и вышел из Каменного монастыря, что желал работать Богу в совершенном безмолвии и уединении, поэтому ему тяжело было слышать похвалы себе, всеобщую молву и быть предметом почтения и уважения для приходящих, что он вменял себе в стыд и грех. Мысль о пустыне пробудилась в нем с новой силой. Еще не выходя из своего монастыря, св. Дионисий стал жить как пустынник, дни и ночи проводил в молитве и коленопреклонениях и вел жизнь строгую и суровую. К тому времени к ним присоединился еще один инок. Преподобный Дионисий, видя, что его собратьям тяжел столь суровый и строгий образ жизни, который он вел, решил оставить Святую Луку. Однажды после совместной молитвы иноки с миром расстались.
Преподобный Дионисий направился вдоль восточной стороны Кубенского озера. Пройдя 15 верст, он вдруг услышал как бы отдаленный колокольный звон. Преподобный Дионисий устремился на звук и вскоре вышел к крутому берегу реки Глушицы — месту безлюдному, окруженному лесной чащей. Поняв, что таким образом ему было указано, где он должен продолжить свой духовный подвиг, преподобный Дионисий водрузил крест, который он нес из Святой Луки. После благодарственной молитвы он принялся за сооружение келлии, выбрав для нее место под цветущем черемуховым кустом (после кончины преподобного ягоды этого дерева давали исцеление страждущим).
И на новом месте подвигов преподобный Дионисий продолжал строгий образ монашеской жизни. Однажды в Глушицкую пустыньку зашел старец-монах. Он с радостью согласился на предложение святого Дионисия разделить с ним пустынножительство. Через некоторое время к ним присоединились еще несколько собратий. Постепенно вокруг преподобного Дионисия собралось такое количество иноков, что возникла мысль об устроении монастыря. Владевший землей вдоль Кубенского озера удельный князь заозерский Димитрий Васильевич с радостью откликнулся на благочестивую просьбу старца помочь в устроении обители. Им были присланы работники, вырубившие и расчистившие лесную чащу. Чтобы получить необходимое архипастырское благословение, преподобный Дионисий в 1402 году вновь направился в Ростов Великий.
