После возвращения на остров он построил два храма: во имя Святой Троицы во имя святителя и чудотворца Николая — покровителя мореплавателей и землепроходцев. Затем святой построил келлии и приготовил все необходимое для обители иноков. Троицкий Николо-Климецкий монастырь был основан около 1520 года. Так преподобный исполнил завет Господа. Из бедного Нятинского монастыря, расположенного в трех верстах от новой обители, пришли братия. К ним присоединились иноки из других мест, желавшие безмолвия и уединения. Митрополит Московский Варлаам (1511–1512) благословил для храмов обители антиминсы и хотел поставил святого Иону настоятелем, но тот по смирению отказался. Преподобный Иона уговорил новгородского иеромонаха Тихона принять настоятельство, а сам подвизался как простой инок.
Преподобный Иона мирно скончался 6 июня 1534 года и был погребен у храма во имя святителя Николая. Над нетленными мощами святого впоследствии была построена часовня, а в царствование Елизаветы Петровны (1741–1761) — каменный храм во имя праведных Захарии и Елисаветы.
Иона, епископ Великопермский, святитель
Святитель Иона, епископ Великопермский, был пятым епископом Пермским. После кончины великого просветителя Пермского края святителя Стефана († 1396; память 26 апреля/ 9 мая) его преемником стал епископ Исаакий, проводивший большую часть своего времени в Москве и недолго находившийся на Пермской кафедре.
Апостольские труды святителя Стефана продолжили святители Герасим († 1441; память 24 апреля/7 мая) и Питирим († 1455; память 19 августа/1 сентября); оба приняли мученическую смерть, исполняя свой архипастырский долг.
Вскоре после убиения отрядом вогульского князя Асыки святителя Питирима митрополит Московский и всея Руси чудотворец Иона († 1461; память 31 марта/13 апреля и 15/28 июня) рукоположил соименного ему благочестивого инока в епископский сан. В 1455 году епископ Иона прибыл в Усть-Вымь — главное селение обращенных в христианство зырян, где еще в 1383 году святым Стефаном была учреждена кафедра при построенном им храме в честь Благовещения Пресвятой Богородицы.
Принимая место, обагренное кровью двух его предшественников, святитель Иона безусловно понимал, какие трудности он встретит на своем архипастырском пути. Время междоусобиц уже проходило, и великий князь Василий Васильевич Темный еще в Москве обещал святителю защиту и покровительство. Присланная им сильная московская рать за 1458–1459 гг. установила в Пермских пределах относительное спокойствие, усмирив при этом вятскую вольницу, принимавшую участие в грабежах поселений зырян и убийстве святителя Питирима. В случае же набегов полудиких племен вогулов (или вогуличей) Новгород и Устюг были обязаны по первому требованию Пермского епископа оказывать ему военную помощь.
