Вероятно, суетная, беспечная и не в меру разгульная жизнь, которую пришлось наблюдать св. Афанасию при дворе богатого польского вельможи, произвела в нем нравственный переворот, и он стал часто задумываться «над греховностью века сего». Размышления привели его к тому, что он решил порвать связи с миром, отошел от Сапеги и в 1627 г. принял монашеское пострижение в Виленском Свято–Духовом монастыре. Отсюда святой послан был на послушание сперва в монастырь Кутеинский под Оршою (Могилевская губ.), а затем в Межигорский около Киева, где «немалое время учился воле Божией и жизни по закону».
Из Межигорья св. Афанасий был снова позван в Вильну. При прощании межигорский игумен сказал преподобному: «Брат Афанасий, сохрани в глубине сердца по крайней мере три вещи: будь в послушании у своих старших, ревнуй о церковном правиле и стерегись бесед с женщинами; когда, при помощи Божией, сохранишь это, спасешься и будешь потребен на службу Церкви Христовой. Иди с миром!»
На пути в Вильну преподобный встретил весьма больного человека, «взял его на себя и нес не мало»; этот человек открыл подвижнику многое из тайн Божиих, «вложил ему в сердце сладчайшее имя Иисуса и научил, как сохранить его: 1) иметь в обращении с людьми разумную умеренность; 2) хранить послушание, чистоту и пребывать в бедности; 3) постоянно памятовать о двоякой смерти (духовной и телесной); 4) решительно во всем полагаться на волю Божию и 5) если бы по немощи тела приключилось что противное воле Божией, очищать себя исповедью и полным раскаянием».
В Вильне преподобный получил посвящение в сан иеромонаха и волей Божией и старших был назначен наместником в Дубойский монастырь под Пинском, где в течение трех лет «сильно боролся то со своими дурными помыслами, то с врагами Православия иезуитами». Канцлер литовский князь Станислав Радзивил в 1636 году отобрал Дубойский монастырь для поселившихся в Пинске иезуитов. Благочестивая душа св. Афанасия была глубоко потрясена этой неправдой, и он видел наяву необыкновенно страшные знамения на небе и на земле: на небе — грозные облака с войсками, выстроенными для битвы и готовыми к отмщению; на земле — семь адских огней, назначенных для семи смертных грехов; в одном из них (в огне пламенного гнева) ясно заметил трех людей: папского нунция в папской короне, короля Сигизмунда и гетмана Сапегу, сидящих в страшной печали за преследование Восточной Церкви. В горячей ревности по святой вере православной преподобный написал жалобный лист о притеснениях православных латино–униатами и, закрепив его подписями многих почтенных людей, вручил его Пречистой Богородице Купятицкой, т. е. положил у Ее иконы, моля Ее вступиться и защитить православных от обиды.
