По этому процессу члены ТКП в качестве обвиняемых не проходили.
Видимо, готовился специальный большой процесс. По сообщению газеты «Московские новости» от 16 августа 1987 года по делу ТКП было арестовано более тысячи человек, но процесс не состоялся, однако приговоры были вынесены. Чаянов был приговорен к пяти годам тюремного заключения и отправлен в Суздальскую тюрьму.
По воспоминаниям профессора Н. П. Макарова, в Суздальской тюрьме Чаянов мог заниматься и литературной работой: составил кулинарную книгу (наверняка она была с историческим уклоном: вспомним тему его доклада в «Старой Москве» — «О поварах Английского клуба»), написал исторический роман «Юрий Суздальский». Судьба этих рукописей неизвестна.
После четырех лет заключения в тюрьме Чаянов был отправлен в ссылку в Алма-Ату. Там он работал в сельскохозяйственном институте.
О его жизни и настроении некоторое представление. может дать письмо С. А. Клепикову от 13 февраля 1936 года. Чаянов пытается шутить, что, мол, «Алма-Ата — это безводная Сахара для коллекционеров», что его общество составляет кошка и «алма-атинская овчарка по кличке Динго», которую «соседнее население» зовет попросту Зинкой, но за шутками видны и усталость, и тревога. Клепиков прислал ему книги, и Чаянов пишет: «Тебя же прошу не забывать меня книгами, причем прошу поиметь в виду, что я впал в детство (видимо, от старости), из всех газет читаю „Комсомольскую правду“ и очень почитаю все издания „Молодой гвардии“, а из книг буду тебе безгранично благодарен за Дюма, Жюль Верна, Вальтер Скотта и им подобных. А впрочем, и за все остальное». Заканчивается письмо щемящим признанием: «Прости за легкомысленное послание, но я прямо опух от 12–14 часовой работы каждого дня… и, набрасывая эти строки, отвожу душу».
Осенью 1937 года Чаянов был снова арестован, 3 октября приговорен к расстрелу, в тот же день приговор приведен в исполнение.
Долгие десятилетия в советской экономической литературе имя Чаянова упоминалось лишь с определениями «контрреволюционер», «идеолог кулачества».
По делу 1937 года Чаянов был реабилитирован как незаконно репрессированный в 1956 году, по делу ТКП — «за отсутствием события или состава преступления», то есть было признано, что ТКП является целиком выдумкой следователей, — постановлением Верховного Суда СССР от 16 июля 1987 года.
Президент ВАСХНИЛ академик А. А. Никонов в интервью, данном журналу «Коммунист» (1988, № 1), реабилитацию имени Чаянова и возвращение народу трудов ученых его школы оценил как очень важный факт нашей современности. «Наша аграрная наука, — сказал А. А. Никонов, — за шесть-семь десятилетий прошла сложный и противоречивый путь. Были такие подъемы, когда к нам в страну перемещались центры мировой науки. Это прежде всего связано с подвижнической деятельностью великого ученого нашего века Николая Ивановича Вавилова и его многочисленных соратников. Это связано с деятельностью блистательного таланта — Александра Васильевича Чаянова и группировавшейся вокруг него когорты выдающихся ученых; среди них Николай Дмитриевич Кондратьев, крупнейший знаток сельскохозяйственного рынка, автор известной теории экономических циклов, называемых в мировой литературе „циклами Кондратьева“, Николай Павлович Макаров, Александр Александрович Рыбников, Александр Николаевич Челинцев и многие другие, чьи имена и сегодня с почтением произносят на всех континентах». Запрещение трудов Чаянова, сказал Никонов, «слишком дорого нам обошлось. Практически два поколения были полностью лишены ценнейшего научного наследия». Он говорил и о значении трудов Чаянова для сегодняшнего дня: «Идеи, обоснованные А. В. Чаяновым, переживают как бы свое второе рождение в наши дни».
