В 1869 г. Реклю постигло большое несчастие: у него умерла любимая им жена, не вынесшая европейского климата, оставив на руках Реклю двух маленьких девочек.
Между тем над Францией в это время собирались тучи социальной грозы. Республиканское и рабочее движение росло и крепло с каждым днем и император Наполеон III, чтобы спасти свой колеблющейся трон, предпринял в 1870 г. войну с Германией, но был побежден немцами и разбит при Седане.
После того, как немцы взяли в плен французского императора, в Париже была провозглашена республика. В это время немецкие войска уже подступали к стенам Парижа. Республиканцы спешно организовали национальную гвардию для защиты родного города. Элизе Реклю был одним из первых, записавшихся в ряды гвардии, хотя как отец семейства, он и имел право быть освобожденным от участия в военных действиях. Вскоре Реклю перешел в воздухоплавательную команду, организованную его близким другом фотографом Надаром, которому он помогал в установке правильных сношений при посредстве воздушных шаров осажденного Парижа с остальными городами Франции. Своих малолетних дочерей Реклю отправил в Нормандию, в местечко Вакёйль, под присмотром одной своей знакомой, Фанни Лерминец, на которой он вскоре и женился.
Между тем в начале 1871 г. республиканское правительство решило сдать Париж немцам. Этот поступок вызвал взрыв негодования всего парижского народа, и национальная гвардия не захотела отдать свое оружие, решив продолжать защиту Парижа. 18-го марта 1871 г. в Париже вспыхнула снова революция, и Париж был объявлен свободным и независимым городом-коммуной. Республиканское правительство бежало в Версаль и собрало войско, которое было послано на усмирение восставшего Парижа.
4-го апреля версальские войска окружили Париж сплошным кольцом и решили прекратить доступ в город всяких съестных припасов. Тогда осажденные сделали вылазку около Шатильонского холма. В этой вылазке приняли участие и братья Реклю, но их отряд был разбит версальцами и Элизе попал в плен. В этот день — пятого апреля — Элизе Реклю пережил всевозможные нравственные и физические страдания и перенес много унизительных оскорблений. Этот день остался памятным для Реклю на всю жизнь. В Версале Реклю вместе с другими пленниками заковали в кандалы и отправили в Брест.
В Бресте Реклю, ожидая суда заканчивал второй том «Земли». Несмотря на просьбу самого Реклю и его друзей о том, чтобы снять с него ручные кандалы, страшно мешавшие ему писать, правительство не разрешило Реклю этой льготы, и Элизе заканчивал скованными руками описание жизни на земле, призывая людей к любви к природе и ко всему живущему.
