Административная и организационная работа по морскому ведомству не нарушала научной деятельности Макарова. Больше того, зима 1891/92 года была посвящена им преимущественно обработке колоссального материала, накопившегося в результате его плавания по Тихому океану.
В мае 1892 года он передал в Академию наук свой новый труд «Витязь» и «Тихий океан»[5].
Академик Рыкачев писал об этой книге: «Со времени Крузенштерна и Литке в русской литературе не появлялось столь крупного и важного труда по гидрологии».
В декабре 1892 года рукопись была сдана в печать, а в следующем году Академия наук вторично присудила ее автору макарьевскую (на этот раз полную) премию.
Исследование С. О. Макарова нашло высокую оценку и за пределами России. Известный океанограф Крюммель отозвался об этой научной работе, что она станет основным сочинением по физической географии северной части Тихого океана. На Мраморном фронтоне Международного океанографического музея, среди названий кораблей, на которых плавали знаменитые исследователи, имеется также имя «Витязя»: военный корабль, совершивший обычное учебное плавание, стал в один ряд со специально снаряженными для научных изысканий судами.
В момент, когда Макаров приступил к работе над этой книгой, он получил ответственное служебное назначение: его назначили глаьным инспектором морской артиллерии.
В этой должности С. О. Макаров состоял вплоть до осени 1894 года. Он отлично ознакомился с положением артиллерийского дела в России, а в 1893 году специально ездил за границу для личного осмотра предприятий, изготовляющих орудия и броню.
Заводы Шихау и Крупповские, Вуличский арсенал, заводы Виккерса-Армстронга, Гочкиса, французские предприятия Шнейдера-Крезо, Форж и Шантье, Нормана — целый калейдоскоп впечатлении, непрерывная смена сложнейших технических конструкций — в этой обстановке Макаров чувствовал себя, как рыба в воде. И в представленном им по возвращении отчете имелось не только описание виденного, но и критика многого, и вместе с тем указания, что именно и в какой форме нужно перенять, заимствовать и использовать в России.
В декабре 1894 года Макаров был назначен командующим русской эскадрой в Средиземном море.
Близ Мальты он простудился, стоя долго на палубе во время свежего ветра, начался воспалительный процесс в колене, пришлось лечь в постель, а затем передвигаться некоторое время на костылях.
Тем не менее Макаров не сдавал командования и лично вел дальше свою эскадру. Согласно полученному приказанию, он повел корабли через Суэц в Тихий океан.
