В структуре СИС пять директоратов. В их число входят:
Административно-кадровый директорат.
Занимается административно-управленческими вопросами, а также вопросами подбора и расстановки кадров.
Директорат постановки заданий и подготовки разведывательной продукции.
Получает задания от потребителей разведывательной информации, главным образом от министерств иностранных дел и обороны. Обрабатывает и анализирует получаемую разведывательную информацию, подготавливает и реализует выходные документы разведки.
Директорат региональных контролеров. Состоит из нескольких регионально-географических оперативных отделов.
Директорат внешней контрразведки и безопасности. Осуществляет разработку спецслужб иностранных государств и обеспечивает безопасность работы английской разведки.
Директорат специальной поддержки.
Снабжает подразделения разведки современными оперативно-техническими средствами ведения оперативной работы.
Кроме того, имеются: Группа советника по вопросам международных отношений, Группа связи со спецслужбами США и других стран.
СИС имеет резидентуру и в России. Непредсказуемость политической и социальной ситуации в Российской Федерации и ее огромный ядерный потенциал заставляют работать британскую резидентуру в Москве по полной программе классической разведки: агентура, легальные способы получения информации, технические средства.
Это спецслужба, которая никуда не торопится и не разменивает количество на качество. История знает всего лишь несколько громких провалов английских спецслужб в России. В 20-е годы чекисты взяли в Санкт-Петербурге Сиднея Рейли, который организовывал подполье для борьбы с большевиками. В 60-е годы был арестован агент СИС Олег Пеньковский, сотрудник военной разведки ГРУ. В июле 1965 года Московский городской суд приговорил к пятилетнему заключению по обвинению в шпионаже англичанина Дж. Брука.
В 80-е годы был разоблачен работавший на англичан сотрудник разведки Олег Гордиевский. А в 90-х годах контрразведка пресекла деятельность двух английских агентов: руководящего работника внешнеторговой организации ВПК Вадима Синцова и дипломата Платона Обухова.
Уже судя по этому списку, СИС работает преимущественно по ключевым фигурам и использует все имеющиеся возможности для обеспечения национальных интересов британской политики.
Летом 1997 года завершился судебный процесс над бывшим руководителем дирекции по внешнеэкономическим связям АО «Спецмашиностроение и металлургия» Вадимом Синцовым. В материалах уголовного дела зафиксированы факты получения им в 1991—1994 годах крупных взяток на сумму 30 миллионов рублей. При выборе фирм-посредников, поставляющих оружие за рубеж, г-н Синцов отдавал предпочтение тем, кто щедрее его отблагодарит. Однако главным пунктом обвинительного заключения было не взяточничество госчиновника, а его разведывательная деятельность в пользу иностранного государства. Англичане завербовали высокопоставленного представителя отечественной оборонки, поймав его на компромате о взятках. Происходило это в гостиничном номере в Лондоне, где Синцов находился в служебной командировке. За период сотрудничества с СИС он побывал за границей примерно на двадцати конспиративных встречах.
