При такой организационной структуре штаб ВВС Советской Армии работал до 1944 г. Менялись начальники отделов, их заместители и небольшая часть офицеров. В частности, в 1942 г. полковник Н. П. Дагаев был назначен начальником штаба ВВС Калининского фронта, полковник В. В. Стороженко начальником штаба ВВС Северо-Западного фронта, полковник М. В. Щербаков командиром резервной авиационной группы. В первый отдел прибыли новые офицеры: подполковники П. Ф. Короткое, Г. В. Виноградов, майоры В. Б. Шемборский, А. С. Болотников, капитаны Ф. Я. Панюшкин, В. И. Извалов, Г. И. Глазунов, старшие лейтенанты А. И. Попков, И. Е. Савкин, а в другие отделы - полковник П. В. Ратапов, подполковники М. Н. Карпук, В. М. Богдан, капитан Г. И. Копылов и др.
В апреле 1942 г. на должность начальника штаба ВВС Советской Армии прибыл генерал Сергей Александрович Худяков, В 1931 г., будучи начальником штаба 8-го кавалерийского полка, С. А. Худяков командируется на командный факультет Военно-воздушной академии им. Н. Е. Жуковского. В ноябре 1932 г. он сдает экзамен по летной практике и получает летное звание летчика-наблюдателя, а после окончания академии назначается начальником отделения штаба 5-й тяжелой бомбардировочной авиабригады. В 1939 г., работая начальником тыла управления ВВС Белорусского военного округа, он без отрыва от основной работы переучился на летчика и в феврале 1940 г. был назначен начальником штаба ВВС Белорусского военного округа, а в феврале 1942 г. - командующим ВВС фронта. С этой должности С. А. Худяков и прибыл в штаб ВВС Советской Армии. Но ему не пришлось долго работать в штабе. В июле 1942 г. по просьбе Военного совета Западного фронта он был назначен командующим 1-й воздушной армией этого фронта.
Генерал Г. А. Ворожейкин, занимавший должность начальника штаба ВВС, в апреле 1942 г. был назначен первым заместителем командующего Военно-Воздушными Силами.
Произошла реорганизация и службы тыла ВВС. В состав тыла вошли управления: устройства тыла, аэродромного строительства, технического снабжения, отделы эксплуатации спецавтотранспорта и средств механизации, снабжения горючим, общевойскового снабжения, а также центральные авиационные склады. Начальником тыла был назначен генерал Л. Г. Руденко.
Была укреплена партийная организация штаба ВВС Советской Армии. Освобожденным секретарем партбюро парторганизации штаба ВВС был избран майор Г. М. Шнырев.
Проведенные по решению Верховного Главнокомандования организационные изменения в центральном аппарате ВВС повысили уровень руководства ВВС.
