В 1879 г. Дэниел Каннингхэм женился на Элизабет Браун, также дочери священника. Три года спустя молодая семья переехала в Ирландию. Доктор Каннингхэм получил должность профессора анатомии в Колледже Тринити, в Дублине, где проработал 20 лет. «Мой родитель был неутомимым тружеником», — вспоминал адмирал Каннингхэм, «В Колледж Тринити он уходил в 7.30 утра и проводил там целый день, а возвратившись домой, вечером еще работал в своем кабинете до полуночи. Мы, дети, виделись с ним редко, за исключением летних каникул, хотя иногда, когда мы ложились спать, он проводил с нами полчаса, рассказывая истории о животных или читая вслух книжки. Его очень любили не только коллеги из университета и студенты, но вообще все, кто его знал».
Дениэл Каннингхэм не ограничивался только рутинной административной работой по руководству кафедрой. Будучи в Дублине, он написал «Руководство по анатомии» и возглавил авторский коллектив учебника на ту же тему, над которым работали многие известные анатомы — ученики сэра Уильяма Тэрнера. Обе эти книги выдержали несколько переизданий и долгое время считались в Англии образцовыми работами. Каннингхэм-старший также являлся автором многочисленных статей, опубликованных в различных научных журналах. Несомненно, что в то время в английских медицинских кругах он считался одним из ведущих ученых-анатомов и преподавателей анатомии.
Впоследствии, в 1904 г. Дэниела Каннингхэма пригласили в Эдинбургский университет, где он возглавил медицинский факультет. В этом качестве он проработал там до самой своей смерти в 1909 г. 20 лет, прожитых в Дублине, профессор Каннингхэм считал самыми счастливыми в своей жизни. В ирландской столице у него было множество увлечений помимо работы.
Он очень интересовался животными и являлся ученым секретарем Королевского зоологического общества Ирландии, а позднее занял пост председателя. Руководство Общества проводило заседания каждую субботу утром в помещении Дублинского зоопарка. Для маленького Эндрю еженедельные походы в зоопарк были одним из главных развлечений. Пока шло заседание, он вместе с братьями бродил по территории, разглядывая животных. Поскольку все служители зоопарка хорошо знали мальчишек, им позволяли смотреть и делать то, что обычной публике не разрешалось.
Эндрю Каннингхэм считал, что у него было счастливое детство. «Мама, которую мы все обожали, была прекрасным воспитателем и имела замечательный характер. Хотя временами она обходилась с нами строго, когда мы того заслуживали, она сделала нас очень счастливыми. Подчас она защищала нас от праведного отцовского гнева. Сказать по правде, мы, мальчишки побаивались нашего папашу, возможно потому, что слишком редко его видели. Угроза нашей поварихи-ирландки „Вот, пожалуюсь на вас доктору“! обычно возвращала меня и моего старшего брата к порядку и дисциплине. Когда мы носились по кухне Энни и делали набеги на ее кладовую, она грозила нам всеми мыслимыми карами, но ни разу не выполнила ни одну из них, даже когда однажды я мазнул ее по лицу сапожной щеткой. Она покрывала многие наши шалости. Я до сих пор вспоминаю о ней с большой теплотой».
