С 1915 по февраль 1917 года Анненков – начальник партизанского отряда Сибирской казачьей дивизии. В его частях бойцы и командиры носили отличительную нашивку, изображавшую черный с красным угол, череп и кости, а также значок с аналогичной эмблемой и надписью «С нами Бог». Своими действиями заслужил прощение за Кокчетавское восстание 1914 года, награды, в том числе кресты Святого Георгия и Святой Анны, почетное оружие, французский орден Иностранного легиона, английскую медаль «За храбрость». По мнению войскового атамана, Анненков был одним из самых храбрых офицеров Сибирского казачьего войска.
3 марта 1917 года Анненков и его отряд присягнули на верность Временному правительству.
С конца 1917 года действовал со своим партизанским отрядом в районе Омска.
С января 1918 года – в Сибири, базировался в районе станицы Шараповской.
В марте 1918 года в станице Атаманской (под Омском) на нелегально созванном войсковом круге Сибирского казачества Анненков избран войсковым атаманом Сибирского казачества.
12 марта 1918 года в составе своих Отдельных Стрелковой и Конной бригад поднял мятеж против Советской власти.
19 марта 1918 года совершил налет на Омск.
К маю 1918 года мятеж отряда Анненкова (300 штыков и 300 сабель) был подавлен, как и мятеж союзного с ним отряда полковника Волкова (около 500 штыков и сабель). Омск вновь перешел к большевикам.
С июня по ноябрь 1918 года принимал участие в боях против большевистских войск в Западной Сибири. Численность отряда Анненкова – 1500 штыков и сабель.
28 июля 1918 года Анненкову присвоено звание войскового старшины.
В августе 1918 года поднял восстание в Славгороде, разогнал совдеп и расстрелял большевиков.
23 октября 1918 года войска Партизанского отряда переданы в подчинение атамана Семиреченского казачьего войска.
С 23 по 30 октября 1918 года переформировал свой отряд в Партизанскую атамана Анненкова дивизию.
С середины 1919 года на Семиреченском фронте, командующий Отдельной Семиреченской армией.
С весны 1920 года – в эмиграции в Китае.
В июне 1920 года – арестован китайскими властями.
С июня 1920 года по февраль 1924 года находился в заключении в тюрьме китайского города Урумчи.
В феврале 1924 года при содействии японских и английских влиятельных лиц в Китае и за его пределами освобожден из заключения.
7 апреля 1926 года в результате спецоперации советской внешней разведки захвачен и вывезен из Китая в СССР.
24 августа 1927 года по приговору выездной сессии Верховного суда «за зверства во время Гражданской войны» Анненков расстрелян в Семипалатинске.
