Никону нужно было не примирение, а победа над гордыней самодержца, и он отвечал с показной кротостью: "Оставил я патриаршество собою, а ни от чьего и ни от какого гоненья, государева гнева на меня никакого не бывало. А я о том и прежде государю бил челом и извещал, что мне больше трех лет на патриаршестве не быть". С этими словами Никон дал Трубецкому письмо к царю и велел просить у Алексея Михайловича отвести ему келью. Трубецкой сдержался и, перед тем как уйти, попросил у патриарха благословения. "Какое тебе от меня благословение? — ответил Никон. — Я не достоин патриархом быть, если хочешь, сам тебе стану исповедовать грехи свои". "Мне до того какое дело, твою исповедь слушать, — сорвался Трубецкой, — то дело не мое!" Он поспешил во дворец, но вскоре вернулся, велел открыть соборные врата и вернул Никону его письмо. "Великий государь велел тебе сказать, — объявил князь, — чтобы ты патриаршества не оставлял и был по-прежнему. А келий и на Патриаршем дворе много, в которой хочешь — в той и живи!" "Я уж слова своего не переменю, — отвечал оскорбленный равнодушием царя Никон, — давно у меня о том обещанье, что патриархом мне не быть!" И пошел из соборной церкви вон.
Никон решил отказаться от мира, затворившись в Воскресенском монастыре. Приехавший из Москвы Трубецкой узрел его в грубом рубище и железных веригах, умерщвляющего плоть воздержанием, постом, молитвой и трудами. "Убоялся я того, — объяснил Никон свой отъезд из Москвы, — чтобы мне, больному, в патриархах не умереть; а впредь в патриархах быть не хочу — если захочу быть патриархом, пусть я проклят буду и анафемствован!" На свое место Никон повелел выбрать другого патриарха, пока же благословил ведать церковью митрополита Крутицкого Питирима.
Алексей Михайлович, умиляясь его подвижничеством, согласился оставить за Никоном Воскресенский, Иверский и Крестный монастыри со всеми приписными владениями, в которых работало более шести тысяч крестьян. Чтобы доходов хватало на возведение храма в Новом Иерусалиме, царь отказался взимать с них налоги и оброки. Он то и дело присылал Никону деньги, жаловал братию от своего стола, делал в пользу Новоиерусалимского храма отчисления с Камских соляных варниц. Через год после оставления Никоном престола царь прислал к нему гонца предупредить о татарском набеге и просил укрыться в Макариев Калязин монастырь, имевший крепкие стены. Патриарх ответил резко: "Чем в Калязин идти, лучше мне быть в Зачатейском монастыре, что в Китае-городе в углу!" "Про который святейший патриарх Зачатейский монастырь говорит, что он лучше Калягина монастыря?" — вопросил царский посыльный. "Тот, — ответил Никон, — что на Варварском крестце под горой у Зачатия". "Так там же тюрьма, а не монастырь", — возразил гонец. "Вот и возвести великому государю, — сказал Никон, — что иду в Зачатейский монастырь доложить о своих нуждах".
