Лишь после этого в апреле 1656 г. был созван собор русских архиереев и патриарх произнес речь о необходимости исправления русских чинов и обрядов, особенно об искоренении двоеперстия. Никон сослался на послание Константинопольского патриарха Паисия с осуждением двоеперстия, указал на все перечисленные выступления и проклятия, уверил, что двуперстие повелось на Руси совсем недавно, после напечатания в Москве Псалтири еретика Феодорита, указал, какого решения от архиереев ожидает он, их владыка (если, конечно, им не улыбается участь Павла Коломенского). Наконец, сторонники двуперстного крестного знамения были соборно отлучены от Церкви и прокляты.
Неясно, кто на московских соборах 1655 и 1656 гг. был инициатором. Никон изо всех сил показывал, что опирается на высший авторитет восточного духовенства и следует советам патриарха Макария Антиохийского: "Я русский, сын русского, но мои убеждения и моя вера греческие". Такова была позиция царя Алексея Михайловича со многими боярами: светская власть, по крайней мере на публичном уровне, не меньше Никона желала полного единения Русской церкви с Восточной. Когда Никон воспротивился мнению Макария, что на Богоявление надо освящать воду дважды, государь бросился на него с бранью: "Ты мужик, блядин сын!" "Я твой духовный отец, зачем ты оскорбляешь меня?!" — кротко сказал Никон. "Не ты мой отец, — отрезал царь, — а святой патриарх Антиохийский воистину мой отец!"
Диалог впечатляет, но тонкость в том, что даже в этом споре Никон настоял на своем. В годы его всевластия неизвестен достоверный случай, когда бы царь решил какой-нибудь связанный с Церковью вопрос против воли Никона. Сомнения современников во всячески превозносимой Никоном инициативной роли патриарха Макария демонстрирует эпизод с переменой церковного облачения. Сочтя, что "рогатый" греческий клобук (его ныне носят русские иереи, кроме патриарха) более ему к лицу, чем русский, Никон понял, что переменить одеяние первых святых митрополитов будет непросто. Предупреждая ропот среди духовенства и прихожан, он втайне велел изготовить клобук по покрою греческих, но по-прежнему белый, с херувимом, вышитым над глазами золотом и жемчугом. Никон долго мерил его перед зеркалом и остался доволен. В соборе он незаметно передал его в алтаре патриарху Антиохийскому. Макарий с обновой в руках подошел к царскому месту и сказал Алексею Михайловичу: "Нас четыре восточных патриарха в мире и одеяние у нас одинаковое. С нашего разрешения поставлен брат наш Московским патриархом — в равном достоинстве с древним благочестивым папой Римским, в знак чего отличается от нас белым одеянием. Если угодно твоему царскому величеству, я желал бы надеть на него этот клобук, который сделал для него, чтобы он носил его подобно нам!" Царь, уловив, что белый клобук на греческий образец свидетельствует о признании особого места Московского патриарха в Православной церкви, сказал: "Батюшка, добро!" Он принял от Макария клобук, поцеловал его, просил Никона снять старый убор и надел ему новый, действительно красивый и величественный
