По мере возрастания мусульманской военной угрозы для христианской державы, братство странноприимцев было реструктурировано в рыцарский (военный) Орден. Правда, самое раннее упоминание о существовании в Ордене «вооруженных братьев» (Fratres armorum) содержится лишь в Статутах (Уставе) магистра Роже де Мулэна (кстати, фигурирующего в некоторых летописях под именем «брат Рюдигер фон ден Мюлен») 1182 г. Следовательно, процесс милитаризации Ордена окончательно завершился примерно к 1180 г. Проходил он не без внутренних распрей и столкновений. Так, например, магистр Жильбер Ассайи (1163-1170 гг.) в ходе этих внутриорденских конфликтов дважды слагал с себя обязанности предстоятеля Ордена. Лишь по завершении этого многотрудного процесса Госпиталь Святого Иоанна, вне всякого сомнения, превратился в духовно-рыцарский Орден, владевший в пору своего расцвета более чем 50 замками в Палестине и Леванте.
Благодаря своей пользовавшейся всеобщим уважением деятельности, своим заслугам и привилегиям Орден приобретал все больше благодетелей и дарителей (донатов) среди мирян, оказывавших ему помощь и поддержку и желавших приобщиться к орденской братии. Раймунд дю Пюи, вскоре после своего избрания магистром Ордена иоаннитов, около 1170 г. указал на такое духовное благодеяние, как приобщение к молитвенному братству. В своем послании всем епископам и прелатам он, в качестве преемника «господина Герарда, служителя убогих во Христе», обратился к ним с просьбой не уставать давать пожертвования и передавать их его посланцам, дабы «стать им соучастниками в благодеяниях и молитвах, совершаемых в Иерусалиме». В заключение послания магистр странноприимцев писал: «Тот же, кто вступил в наше братство или же вступит в него, может быть так же твердо уверен в милости Божией, как если бы он сами сражался в Иерусалиме. Ему уготован венец праведника».
После возвращения Иерусалима под власть христиан в истории Госпиталя начался период бурного развития, обеспеченного благодаря многочисленным пожертвованиям и дарениям, как в Святой Земле, так и в странах, из которых туда приходили паломники. Уже в 1110 г. король Иерусалимский Балдуин I подтвердил дарственную, полученную иоаннитами от его покойного брата Готфрида Бульонского, и сам щедро одарил Орден. Папа Пасхалий взял под свое покровительство «все владения, полученные, от щедрот Божьих, этим ксенодохиумом по ту и по эту сторону моря, как в Азии, так и в Европе». Иерусалимский странноприимный дом превратился в уникальный лечебно-оздоровительный комплекс, не имевший себе равных на Западе и уступавший, пожалуй, только основанному почти одновременно с ним византийскому странноприимному дому Спаса-Вседержителя (Пантократора) в Константинополе. Последний, в свою очередь, возник на основе давней странноприимной традиции восточной церкви, вершиной которой являлись медицинские и реабилитационные заведения, основанные еще в IV в. святым Василием Великим у врат Кесарии Каппадокийской и рассматривавшиеся всеми последующими странноприимными домами как своего рода недосягаемый образец. Вероятно, иоанниты в 1182 г., когда их Капитулом под председательством Роже де Мулэна были приняты важные решения, находились под влиянием положений о странноприимном доме Спаса Вседержителя, от которого они, скорее всего, переняли разделение на отделения для больных различными болезнями, а также правила тщательного и добросовестного ухода за больными. От византийцев они могли узнать также многое о болезнях, лекарственных средствах и диете. В госпитале Спаса Вседержителя уже тогда имелись главные врачи, старшие врачи и врачи-ассистенты. Единственное, в чем главный госпиталь иоаннитов в Иерусалиме превосходил византийский госпиталь, были его размеры. По утверждениям немецкого паломника Иоанна Вюрцбургского, уже в 1170 г. иерусалимский госпиталь принимал до 2000 больных одновременно. По другому сообщению, датированному 1177 г., в орденском Госпитале в Иерусалиме, наряду с находившимися там на излечении 900 больными, были дополнительно размещены 750 раненых воинов, пострадавших в битве при Рамле 25 ноября 1177 г., в которой христианское войско одержало блестящую победу над султаном Саладином. А византийский странноприимный дом в Константинополе, по крайней мере, в первые десятилетия своего существования, был рассчитан на обслуживание всего 50 пациентов. Как и на Западе, в основе восточно-римской гуманитарной, санитарной и благотворительной деятельности лежала принципиальная идея о странноприимном доме как месте служения Христу. Так, в учредительной грамоте византийского госпиталя Спаса-Вседержителя было записано: «Ибо все, что только ни делается для страждущей братии нашей, делается для Господа». Таким образом, как на Западе, так и на Востоке, больных рассматривали как братию Христову. Однако представления иоаннитов в этом вопросе заходили гораздо дальше, причем в двух аспектах. В орденских Правилах (Уставе) больные неизменно именовались «господами», а рыцари Ордена – «слугами». Иоаннитам вменялось в обязанность день и ночь рассматривать больных как своих господ и ухаживать за ними. В Статутах эта обязанность сформулирована следующим образом: «Братии Странноприимного дома надлежит денно и нощно радостно и самоотверженно ухаживать за больными как за своими господами» (Quod fratres hospitalis noctu dieque libenter custodiant infirmos tamquameorum dominos). Обычай прислуживать больным за завтраком, обедом и ужином практиковался и в более поздний, мальтийский период в истории Ордена, в его Большом госпитале на Мальте до последнего дня существования островного орденского государства. Каждый «язык» («ланг», или «нация») Ордена иоаннитов исполнял в больнице в один из дней недели эту почетную миссию кормления больных.
