Грозный наконец стал оказывать покровительство сиротам погибшего Ивана Шуйского. Он принял их к себе на службу в «удел». В дни похода Иванца Московского в 1576 г. Василий и Андрей Шуйские исполняли должность оруженосцев, а также должны были «в стану у государя спати и у ночных сторож в головах им же быти». Василий числился главным рындой у царя, Андрей — старшим оруженосцем при особе наследника.
Под видом передачи трона Симеону Грозный попытался возродить в стране опричные порядки. Знать была встревожена. Стремясь успокоить недовольных, самодержец поставил во главе «удельной» думы князя Ивана Петровича Шуйского. Вместе с ним на «дворовой» службе до последних дней жизни Ивана IV служил князь Василий Федорович Скопин-Шуйский.
Василий Шуйский с двумя братьями сопровождали самодержца в ливонском походе 1579 г. в качестве рынд при двух саадаках и царском копье. Участие в боевых действиях таило угрозу для жизни дворянина. 25 апреля 1580 г. князь Василий пожертвовал 30 рублей в Троице-Сергиев монастырь. Вклад свидетельствовал о том, что из всех братьев самым осторожным был Василий. В 1581 г. Василий и Андрей Шуйские были посланы на южную границу. Василий был назначен воеводой большого полка, а его брат — воеводой правой руки. Подчиненные им силы были совсем невелики. Служилый князь Михаил Одоевский был задет тем, что попал в подчинение Василию Шуйскому, и заспорил с ним о местах. Главные бояре решили дело в пользу Шуйского. Суд выяснил любопытные подробности. Оказалось, что воевода Иван Петрович Шуйский уступал «по счету в родстве» князю Василию и князю Андрею.
В конце Ливонской войны Шуйские добились исключительных успехов на военном поприще. В 1581 г. польский король Стефан Баторий осадил Псков. Оборону крепости возглавил «дворовый» боярин князь Иван Петрович Шуйский.
Под Псковом Баторий потерпел самую крупную неудачу в войне с Россией. Псков стал бастионом, о который разбилась волна неприятельского нашествия. Заслуги Шуйского получили всеобщее признание. Фактически он спас Россию от полного поражения в Ливонской войне.
На поле боя отличился также и князь Андрей Шуйский. Речь Посполитая заключила мир с Россией, Швеция продолжала войну. Шведы осадили Орешек в истоках Невы и 8 октября 1582 г. пошли на приступ, но были отбиты. Неделю спустя воевода Андрей Шуйский пробился в крепость с подкреплениями. Он руководил гарнизоном при отражении второго штурма. Шведы понесли большие потери и отступили.
