После смерти Химико племенной союз Яматай возглавляли мужчины-вожди из ее рода, являвшиеся также наследственными верховными жрецами синтоизма — «пути богов». Но женщины рода Ямато не утратили былого влияния: они либо правили единолично, либо через несовершеннолетних сыновей, либо через браки с вождями сильнейших племен. В XII веке императорская династия становится номинальной, и к власти в Японии приходят сменяющие друг друга сёгуны (главнокомандующие), возглавляющие противоборствующие самурайские кланы.
Власть императора, равно как и продолжение самой династии Ямато, на протяжении веков неоднократно подвергалась проверке на прочность. Наибольшей угрозой зачастую оказывались противоборствующие друг другу родственники императора, ведущие тайную войну за контроль над императором, за низведение его участия в делах империи до роли послушной марионетки в их цепких руках. Поэтому большую часть 2,5-тысячелетней истории японская императорская семья обладала скорее сакральным, мистическим значением, чем собственно светской властью. Случались времена, когда император, дабы выжить, торговал на улице лапшой. Бывало, императоров ссылали в буддийские монастыри и на удаленные острова. Нескольких императоров убили в ходе междоусобной борьбы самурайских кланов за абсолютную власть.
Несмотря на слабость, а зачастую и полное отсутствие власти, императоры династии Ямато тем не менее обеспечивали «мистическое прикрытие» лицам, стоявшим в тени императорского трона. Групповой портрет японской императорской семьи абсолютно невозможен без предварительной прорисовки на заднем плане неких смутных контуров подобных «невидимок». С достопамятных времен правления Химико и вплоть до Реставрации Мэйдзи в 1868 г. пять семейных кланов достигали в Японии высшего могущества, сосредоточив его в тени за троном послушного их воле императора: Сога, Фудзивара, Минамото, Асикага и Токугава. Богатые феодальные дома Сога и Фудзивара выдавали дочерей за императоров и правили опосредованно, через регентство над несовершеннолетними наследниками престола, и так продолжалось из поколения в поколение. Сога и Фудзивара пользовались услугами воинов-наемников (самураев) для защиты собственных интересов, и с течением времени их наемные армии укрепились настолько, что стали диктовать условия хозяевам. Остальные три семейства — Минамото, Асикага и Токугава — представляли самурайские наследственные кланы, пришедшие к власти над императорами в XII веке и реально правившие Японией на протяжении восьми веков, проявляя к императору намеренное неуважение или вообще не замечая его. Сёгуны, получившие единоличную власть в ходе межклановых войн между самураями, недолго удерживали ее, против них использовались те же проверенные временем манипуляции опосредованного контроля. Как правило, пришедший к власти очередной сёгун (иногда и его наследник) правил единолично, жестко, беспощадно, прозорливо просчитывая каждый свой шаг. Однако с течением неумолимого времени на смену им неизбежно приходили более мягкотелые, чем их отцы, наследники, и история повторялась. Реальная власть переходила к регентам, женам, советникам.
